Zadanie Szczur trafia do kanałów stanowi kontynuację misji pt. Głęboka konspiracja. By rozpocząć jego realizację, musisz udać się na orbitę Europy. Spotkasz się tam z niejaką Naeva Mora. Porozmawiacie przez komunikator, a podczas pogaduszki otrzymasz dodatkowe zadanie, polegające na zlikwidowaniu zdrajcy zwanego Austin Rake. Przebywa on ponoć na pokładzie statku o nazwie Ragana orbitującego dokoła Enceladusa. Po konwersacji, ruszaj więc do celu.

Na orbicie księżyca porozmawiaj z kapitanem statku Ragana, a będziesz miał kilka możliwości:

• Natychmiastowy atak, co będzie się wiązało ze śmiercią niewinnych ludzi.
• Uzyskanie pozwolenia na zadokowanie (powołując się na ZK lub Karmazynową Flotę);
• Zmuszenie załogi do zamordowania Austina, choć najpierw musisz zadokować.

Jeśli uda Ci się zadokować, przejdziesz na pokład statku i będziesz mógł porozmawiać z kapitanem, co znowu da Ci kilka opcji:

• Oszczędzenie Austina, powołując się na ZK. Facet zniknie bez śladu.
• Przekonanie załogi do zamordowania Austina, do czego potrzebna będzie oczywiście perswazja.
• Zaatakowanie załogi statku, co będzie oznaczało walkę ze wszystkimi członkami załogi.

Cokolwiek zdecydujesz, wróć wreszcie do Naevy na orbicie Europy. Jak się tam pojawisz, pokonaj grupę przeciwników i połącz się transmisją z Astraeą. Powiedz, co udało ci się osiągnąć, ewentualnie skłam. Z rozmowy dowiesz się, gdzie jest siedziba główna Karmazynowej Floty w układzie Kryx. Nie ruszaj tam jednak od razu, bo najpierw śmignij do Vigilansa.

Po zadokowaniu, podążaj za rekrutem, a następnie porozmawiaj z Komandorem Ikandem. Po konwersacji z nim musisz udać się na Klucz, czyli do siedziby Karmazynowej Floty. Na miejscu zadokuj do stacji kosmicznej i porozmawiaj z Naevą. Następnie idź za kobietą, aby poznać pokład stacji oraz dotrzeć do niejakiego Shinyi. Z nim też porozmawiaj.

Na koniec musisz udać się jeszcze do Delgado, szefa Karmazynowej Floty. Porozmawiaj z nim, a zakończysz niniejsze zadanie. Otrzymasz też oczywiście kolejne: Echa przeszłości.