Zadanie to rozpoczyna się automatycznie po tym, jak ukończysz Stacja końcowa. Pierwszy krok to rozmowa z doktor Li, przebywającą oczywiście na terenie Instytutu. Idź zatem z nią pogadać. Do rozmowy dołączy się jeszcze jedna pani doktor, wyjaśniając szczegóły operacji.

Chodzi o to, abyś dostał się do wnętrza siedziby Bractwa i wyłączył tamtejsze generatory pola zabezpieczającego. Nie pozwala ono bowiem ludziom Instytutu teleportować się bezpośrednio do wnętrza bazy. Na koniec dostaniesz też specjalne znaczniki, pozwalające Ci określić miejsce, w którym chcesz, aby pojawiły się syntki.

Twoim drugim celem będzie Liberty Prime – wielki robot. Musisz się do niego dostać, a następnie poczekać, aż jeden z synktów wgra do niego specjalnego wirusa. Dzięki niemu Liberty Prime będzie po stronie Instytutu.

Po rozmowie udaj się do przekaźnika na szczycie głównej windy instytutu. Po chwili znajdziesz się w okolicy lotniska Bractwa. Tam natomiast musisz się najpierw dostać do terminalu (lotniczego, nie komputerowego). Idź zatem do celu – bardzo ostrożnie, po drodze będzie mnóstwo min, a i żołnierzy bractwa nie będzie brakowało.

W środku musisz zniszczyć generatory bractwa, podążaj więc do każdego po kolei. Dwa z nich będą na górze terminalu. Jeden obok lądowiska lataczy, a drugi kawałek dalej. Do trzeciego dostaniesz się windą prowadzącą w dół z okolic lądowiska lataczy.

Po zlikwidowaniu generatorów musisz się udać do Liberty Prime. Tam pojawi się syntek, który spróbuje uruchomić Liberty Prime. Ty natomiast będziesz musiał go chronić. Wreszcie syntkowi uda się złamać zabezpieczenia wielkiego robota, a on zniszczy Prydwen. Wówczas uciekaj z lotniska, a po chwili zostaniesz teleportowany na bezpieczną odległość od miejsca zadymy. Zadanie Ostatni lot Bractwa dobiegnie końca, a rozpocznie się Nuklearna rodzina.