Zadanie te otrzymujesz po ukończeniu misji Myśliwy czy ofiara. Pozyskałeś chip łowczego, a w związku z tym wypada się dowiedzieć coś na jego temat, udaj się więc do Trasy, oni powinni być w stanie pomóc.

Ruszaj w miejsce wskazane na mapie. Jeśli wcześniej nie miałeś przyjemności zawitać w siedzibie Trasy musisz najpierw wykonać zadanie Droga ku wolności. Jeśli je już wykonałeś, przejdź od razu do Sztabu Trasy i porozmawiaj z Desdemoną.

Po chwili do konwersacji dołączy się także Tom. Przekażesz Desdemonie chip, a Tom po chwili go złamie. Wówczas możesz wrócić już do Virgila i przygotować maszynę teleportacyjną. Do pomocy będziesz mógł wziąć Bractwo, Minutemanów albo Trasę.

Idź porozmawiać z Prestonem Garveyem, a ten odeśle Cię do Sturgesa. Po rozmowie z nim dowiesz się co musisz przygotować, aby powstał teleporter. Najpierw musisz się zająć czymś, co nazywa się platformą refleksyjną. Wybierz jakiś spory plac budowy i postaw ją, wykorzystując do tego celu warsztat.

Po zakończonej budowie wróć do Sturgesa. Da Cię on kolejne trzy schematy rzeczy do zbudowania:

• Konsolę;
• Antenę przekaźnikową;
• Emiter wiązki.

Uwaga: Stabilizowana platforma refleksyjna musi znajdować się pod emiterem wiązki molekularnej. To jedyny podzespół, którego nie łączysz kablem.

Do wszystkiego musisz poprowadzić przewody, a następnie zbudować generatory zasilające sprzęt. Po przygotowaniu wszystkiego podejdź i porozmawiaj ze Sturgesem. Zapyta Cię on czy chcesz sprawdzić działanie urządzenia. Jeśli nie masz nic więcej do załatwienia w tym momencie zgódź się. Wejdź na platformę i ruszaj w drogę!

W międzyczasie rozpocznie się zadanie Krecia robota. Gdy trafisz do siedziby Instytutu zadanie Poziom molekularny dobiegnie końca.

Udaj się do Sztabu i porozmawiaj z Desdemoną. Wyjaśnij jej sprawę teleportacji, a ta skieruje cię do Toma Majsterkowicza. Oddaj mu plany. Ten natomiast wyjaśni Ci czego potrzebujesz i poprosi Cię, abyś znalazł miejsce do zbudowania platformy.

Śmigaj więc do punktu wskazywanego przez nawigację. Będzie nim Plac budowy Murkwater spory kawałek na południe od Sztabu. Jeśli wcześniej tu nie byłeś, czeka Cię walka z królową błotniaków. Jeśli byłeś, szukaj miejsca do zbudowania platformy. Postaw ją i porozmawiaj z Tomem. Poznasz kolejne elementy, którymi musisz się zająć.

Układ scalony: We wskazanym miejscu na mapie możesz – opcjonalnie – poszukać specjalnego układu scalonego.

Jak już wszystko będzie gotowe, podejdź i porozmawiaj z Desdemoną. Dowiesz się od Patriocie – osobie, znajdującej się w Instytucie, pomagającej uciekać synktom. Będziesz musiał się z tą osobą skontaktować. Dostaniesz w tym celu specjalną holotaśmę. Umieścisz ją w jakimkolwiek terminalu i będziesz czekał na reakcję.

Po rozmowie wkrocz na platformę i czekaj. Po chwili cała akcja ruszy, a ty zostaniesz przeteleportowany do instytutu. Zadanie Poziom molekularny dobiegnie końca, a w międzyczasie rozpocznie się zadanie Skryci, tajni i podziemni.

Idź porozmawiać z Maxsonem, na Prydwen. Bractwo będzie miało mniej więcej pojęcie, gdzie znajduje się instytut, ale to ty masz ostatnią wskazówkę. Powiedz Maxsonowi o teleportowaniu. Po rozmowie idź do prefekta Ingram. Idź na pokład helikoptera i udaj się na lotnisko. Tam znajdź Ingram i porozmawiaj z nią.

Otrzymasz listę rzeczy, które musisz zbudować, będziesz musiał też znaleźć odpowiednie miejsce do tego. Podejdź więc do warsztatu, który znajduje się w okolicy, otwórz go i stawiaj konieczne struktury. Jeśli brakuje Ci jakichkolwiek surowców, będziesz musiał je najpierw uzupełnić. Ostatecznie wybudujesz:

• Konsolę;
• Antenę przekaźnikową;
• Emiter wiązki.

Wtedy idź porozmawiać z Maxsonem, który powinien pojawić się w okolicy. Poprosi Cię on o to, abyś porozmawiał z doktor Li, kiedy znajdziesz się w siedzibie Instytutu. Rozpocznie się w tym momencie zadanie Wewnętrzny wróg. Po pogawędce z Maxsonem, podejdź jeszcze do Ingram, potwierdź chęć kontynuowania i wchodź do przechwytywacza sygnału. Przed wyruszeniem w drogę Ingram da ci jeszcze holotaśmę, którą masz umieścić w jakimkolwiek terminalu, aby zeskanować przydatne informacje na temat Instytutu – rozpocznie to zadanie Sieć informacji. Wreszcie teleportujesz się do siedziby wrogów, a tam zadanie Poziom molekularny dobiegnie końca.