Rozgrywka w Depserados III jest hołdem oddanym w stronę takim grom jak Commandos, Robin Hood: Legenda Sharewood czy poprzednim dwóm odsłonom własnego cyklu. Mamy tutaj do czynienia z połączeniem typowej skradanki, gdy zręcznościowej oraz strategicznej.

W Desperados III akcję obserwujemy z rzutu izometrycznego kamery, którą możemy dowolnie przybliżać i oddalać, a także obracać – wiele elementów otoczenia, jakich jak niektóre platformy, skarpy, budynki itd. są niewidoczne z pewnej perspektywy, więc praca kamerą jest równie istotna co zabijanie przeciwników.

Kontrolujemy maksymalnie pięć postaci – każdą o odmiennych umiejętnościach i posiadanych przedmiotach użytkowych. Niektóre się ze sobą zazębiają, inne są kompletnie unikatowe (jak np. przejmowanie umysłów przez szamankę Isabelle). Rzadko jednak mamy okazję grać w jednej misji całym zestawem pięciu protagonistów – większość czasu gry do dyspozycji mamy dwóch lub trzech i związane jest to z fabułą oraz narracją całej historii.

Celem poszczególnych misji jest zazwyczaj przedostanie się z jednego końca mapy na drugi – w tym czasie mamy rozmaite zadania, takie jak ukatrupienie konkretnego przeciwnika (ważnego z punktu widzenia historii), okradnięcie kogoś, uwolnienie więźniów itp. Za każdym jednak razem musimy uważać na wzrok strażników, by nie wszczęli alarmu, który dla naszych postaci jest równy wyrokowi śmierci. Kluczową sprawą w Desperados III jest takie pokonywania przeciwników, by żaden z ich kamratów nie miał pojęcia o tym, że na terenie działa jakiś wróg. A możemy to zrobić za pomocą np. funkcji chowania ciał w zaroślach, akwenach, przepaściach, budynkach itd.

W grze wprowadzono zupełnie nowy tryb – Showdown Mode. Polega ona na tym, że gdy go aktywujemy, czas staje w miejscu, a my możemy każdej z postaci zlecić wykonanie danej akcji – np. skorzystanie z umiejętności, schowanie się w krzakach, zabicie przeciwnika itd. Gdy plan zostaje zaaplikowany, jednym przyciskiem aktywujemy całą sekwencję.