Misja Sekret księcia pojawia się w Twoim dzienniku po tym, jak wykonasz zadanie Starożytny sekret. Aby ją rozpocząć musisz się udać na rozmowę z admirał Cabral. Porusz kwestię kolonizacji wyspy oraz ruin, na które natrafiłeś.

Cabral nie będzie chętna do podzielenia się informacjami, przynajmniej nie zrobi tego do momentu, gdy sam jej nie pomożesz. Poprosi Cię o to, byś spróbował rozwiązać tutejsze problemy Nautów. Idź w tym celu na rozmowę z Petrusem, a potem dowódcą Fernando.

Petrus to Twój kompan. W grze występuje błąd, niepoprawnie wskazujący miejsce, w którym go znajdziesz. Nie kieruj się do pałacu gubernatora, a zamiast tego udaj się do swojej siedziby albo wybierz w dowolną podróż – będziesz miał szansę porozmawiać z kompanem.

Śmigaj następnie porozmawiać z Fernando. W tym celu musisz ruszyć w odległą podróż prowadzącą Cię do San Metheus. Co jednak istotne, w mieście tym zrealizujesz także kolejny krok zadania, porozmawiasz z biskupem Domitiusem. Fernando jest w kapitanacie, a biskup w pałacu gubernatora.

Od Fernando dowiesz się o zaginionych Nautach – sprawę tę musisz rozwiązać, a pierwsze poszlaki znajdziesz obok kapitanatu. Na schodach w porcie będzie siedział marynarz chętny do rozmowy. Dowiesz się o inkwizytorach, którzy kręcą się w okolicy. Nieco dalej będzie jeszcze jeden marynarz, Dokerka Nautów – także ona będzie skłonna do pogaduszki.

Następny krok to rozmowa z Biskupem – znajdziesz go w pałacu gubernatora. Dowiesz się od niego o tajemniczych rytuałach Nautów, które prawdopodobnie chronią ich przed malichorem, a są przyczyną zachorowań u innych. Musisz je, rzecz jasna, zbadać.

Po wyjściu z pałacu udaj się w okolicę tawerny, o której wspominał Fernando. Podejdź do wskazanego miejsca, a odpali się scenka przerywnikowa. Dowiesz się z niej, że Nautowie zostali aresztowani, co gorsze była to samowola. Możesz w tym momencie iść ich uwolnić, albo wybrać się do kapitanatu, aby zbadać sprawę rytuałów, co uczynisz ponownie gadając z Fernando.

Niestety Fernando nie będzie skłonny by cokolwiek Ci powiedzieć, a zatem zdecydujesz się na plan B. Musisz wejść do biura w kapitanacie – zrobisz to tylnym przejściem. Wyjdź z kapitanatu i od razu skręć w lewo, a potem przeskocz ponad drewnianym murem. W środku, zacznij się skradać i wejdź na górę – bez problemów wyminiesz strażników. Wreszcie przeczytasz rozkazy z kapitanatu i dowiesz się o tajnym magazynie.

Wyjdź na zewnątrz i znajdź magazyn – wejście do niego jest w dzielnicy portowej – dostań się do środka niejako od tyłu, uważając na strażników. W środku zacznij się skradać i zerkaj na wskazane przez grę przedmioty. Lunetę, polecenia pani admirał, termometr oraz coś dziwnego nieopodal. Okaże się, że to przyrządy naukowe.

Po dochodzeniu zostaje już tylko uwolnienie więźniów, a zatem wybierz się do Koszar Strażników Denara. W środku zejdź na niższe piętro, po czym kieruj się na punkt nawigacyjny. Przejdź przez wrota i porozmawiaj ze strażnikiem – konwersacja odpali się sama, kiedy zbliżysz się do wartownika.

W tym momencie będziesz mógł zdecydować czy z nim walczyć czy zechcesz go przekupić (80 sztuk złota). Dostaniesz dzięki temu klucz do lochów. Skorzystaj z niego obok, a odpali się scenka przerywnikowa. Dowiesz się z niej, że inkwizycja Ordo Luminis coś knuje. Musisz udać się do jej siedziby i zbadać sprawę.

Po dotarciu do kwatery inkwizycji zacznij się rozglądać po pomieszczeniach. Wejdź na piętro, a odpali się tam pojedynek. Wygraj go i kontynuuj dochodzenie. Dojdziesz do pomieszczenia, w którym prowadzone są tortury, a tam odkryjesz Wiadomość od inkwizytora Domitiusa – przeczytaj ją. Okaże się, że Inkwizycja oszalała, o czym musisz powiadomić Matkę Kardynalinę.

Porozmawiaj z Domitiusem, aby zainicjować raport. Po nim, udaj się do Cabral i poinformuj ją o sytuacji. Dowiesz się też czegoś zaskakującego na swój temat, a z nowymi informacjami idź porozmawiać z Constantinem. Przy wejściu odpali się scenka przerywnikowa. Okaże się, że Constantin jest chory na malichor. Rozmowa zakończy zadanie, a zainicjuje misję Zdrada.