Biomutant to gra RPG akcji, w której przenosimy się do postapokaliptycznego świata. Akcja tytułu rozgrywa się na Ziemi, choć planeta pod wieloma względami nie przypomina tej, którą obserwujemy obecnie. W wyniku katastrofy naturalnej rdzeń Ziemi został zanieczyszczony, a skażenie  w postaci oleju następnie dotknęło wszystkich. Ludzie w efekcie wymarli, a zamiast nich planetę zaczęły okupować tytułowe mutanty.

Wspomniany olej zatruł też Drzewo Życia, dzięki któremu wszystko istnieje. Zadaniem gracza jest uratowanie Drzewa Życia, a robi to ratując pięć jego korzeni. Na końcu każdego z nich znajduje się plama oleju, a prócz niej tzw. Światożerca - przerośnięty mutant niszczący wszystko, co znajdzie się na jego drodze. Co ciekawe, w swojej podróży nie jesteśmy całkowicie sami.

Świat Biomutant zamieszkuje sześć plemion, a każde z własną agendą i celami. Trzy z nich chcą ocalić Drzewo Życia, a trzy pozostałe mają całkiem inne plany. Z każdym jesteśmy w stanie prowadzić interakcję, a w efekcie pozyskać za sojuszników. Możliwe jest to dzięki systemowi karmy, który określa to, czy główny bohater ma aurę Mroczną czy Jasną. Odpowiednia aura ułatwia (lub utrudnia) nam następnie interakcję z plemionami.

Podczas zabawy możemy połączyć siły z wybranymi plemionami lub całkowicie je wyeliminować. Wątek fabularny Biomutant jest na tyle rozbudowany, że możemy dobrnąć do finału bez eliminowania potencjalnych sojuszników, albo możemy się zdecydować na sianie spustoszenia w świecie. Wszystko w rękach gracza...