Biomutant to rozbudowana gra, w której co jakiś czas następuje rozgałęzienie opowieści. Efekt tego jest taki, że nie mamy jednego zakończenia, a kilka. Nie różnią się one jednak między sobą jakoś diametralnie.

Chodzi o to, że cały czas staramy się wyleczyć Drzewo Życia - brniemy do tego realizując zarówno główne, jak i poboczne zadania. Najważniejsze jest jednak leczenie korzeni w misji pobocznej związanej z tzw. Nonami - niewielkimi stworami, które znajdujemy w świecie, a z którymi wracamy do korzeni podczas misji pt. Powrót do korzeni. Im więcej korzeni uleczymy, tym lepsze zakończenie zobaczymy.

Zakończenie zmienia się też delikatnie w zależności od tego, do jakiego plemienia się zdecydujecie dołączyć oraz kogo wybierzecie na pokład arki. Różnice w tym przypadku też są niewielkie, albowiem ograniczają się do nieco innego komentarza narratora w ostatniej scence przerywnikowej.

Na zakończenie składają się następujące elementy:

• Plemiona (Możesz je zjednoczyć lub podbić).
• Drzewo życia i korzenie (Pokonaj Śiatożerców i wylecz korzenie lub nie).
• Ucieczka na pokładzie Arki z wybranymi osobami.
• Lupa-Lupin żyje lub Umiera.

Każdy element to całkiem odrębna składowa ostatecznej scenki.