Zaczynasz oczywiście od stworzenia bohatera. Gdy to zrobisz, przejmiesz nad nim kontrolę i będziesz mógł iść przed siebie. Postępuj wówczas wedle wskazówek na ekranie, aż dojdziesz do miejsca, w którym musisz wybrać „ki” – coś w rodzaju sumienia. Wybierz interesującą Cię stronę, po czym kontynuuj – nieważna jest ścieżka. Wreszcie bowiem znajdziesz martwe zwierzę, gnunia. Zbliż się do niego, by go zbadać, a potem znowu postępuj wedle wskazówek na ekranie, by opanować walkę. Potem zaś wskocz do jaskini

Gdy wskoczysz do bunkra i odzyskasz kontrolę nad bohaterem, uciekaj przed wybuchem. Następnie znów idź przed siebie. W nieco większej komnacie będzie grupa przeciwników. Sprzątnij ich i śmigaj dalej. Natrafisz w ten sposób na skrzynię z amunicją – sprawdź jej zawartość i kontynuuj. Znajdziesz niebawem zapasy medyczne oraz drzwi. Zapasy weź, a za drzwiami znajdziesz ubikację. W toalecie będzie apteczka – zabierz ją.

Wróć potem do pomieszczenia z zapasami medycznymi i poszukaj łańcucha, którym wejdziesz do góry. Wydostaniesz się w ten sposób na powierzchnię, gdzie czeka na Ciebie Szlamożłop – nieco większy i niebezpieczniejszy wróg. Pozbądź się go i jego kumpli, a potem przeszukaj ciała. Następnie zmierzaj w stronę Terminalu naftowego Toxanolu – przechodząc przez pobliskie drzwi, a potem przez kolejne. Po drodze będziesz musiał oczywiście walczyć. Gdy wejdziesz do pompowni, kontynuuj podróż przed siebie, aż dotrzesz do tunelu, który musisz przemierzyć.

Idąc cały czas do przodu natrafisz na dziwne urządzenie – pazurołom. Podnieś je oczywiście, a potem idź z powrotem do pompowni. Były tam drzwi, których wcześniej nie dało się otworzyć. Teraz zrobisz to bez problemu. Po chwili natrafisz na ropociąg, który możesz zdemolować zdobytym pazurołomem. Wskocz potem do rury, zjedź na dół i do przodu. W nieco większej komnacie czekać będą na Ciebie niejakie Morki – zlikwiduj je i zbierz tzw. biobloby, za sprawą których odblokowujesz mutacje. Zerknij do menu postaci, a potem wchodź po łańcuchu do góry.

Na pomoście zerknij za siebie, a dostrzeżesz w oddali skrzynię. Aby się do niej dostać, musisz skakać po zrujnowanym pomoście, który jest z lewej – to swoiste resztki betonowej kondygnacji. Skrzynię oczywiście przeszukaj, by zgarnąć nieco przydatnych rzeczy. Potem wyjdź z pomieszczenia przez drzwi. Śmigaj na dół i przez kolejne drzwi. Znajdziesz wreszcie tablicę informacyjną – zerknij na nią, po czym idź dalej.

W kolejnym pomieszczeniu będzie promienioświatło – projektor – które uruchom. Okaże się, że to zagadka, którą musisz rozwiązać obracając trzy przełączniki tak, by połączyć odpowiadające sobie kolory. Przełączniki ustaw tak, aby wskazywały świecący się obok prostokąt. Gdy to zrobisz, obejrzysz krótki filmik. Przejdź po nim przez pobliskie drzwi i podążaj korytarzem, aż natrafisz na skrzynkę elektryczną. To kolejna zagadka rotacyjna, wymagająca obracania węzłami. Ustaw je tak, by odpowiadały sobie kolory na każdym z węzłów i idź dalej.

W sporym pomieszczeniu będzie ktoś na wózku inwalidzkim, a dookoła będą ścierwojady – pokonaj je wszystkie. Przeszukaj potem zwłoki poległych wrogów i podążaj za starcem. Porozmawiaj z tzw. Przedawnionym, a po krótkiej konwersacji cofniesz się nieco w czasie. Gdy tak się stanie, idź porozmawiać z Nieprzedawnionym.

Po konwersacji, idź poszturchać błyskotrawę. Stań pośród niej i uderz, a wyskoczy nono. Po chwili dostaniesz szybkosieć – siatkę, przy pomocy której musisz złapać nono. Gdy to zrobisz, odpali się kolejna rozmowa z Nieprzedawnionym. Poprosi Cię on o złapanie większej liczby nono, ale póki co musisz zanieś nono do Drzewa życia. Porozmawiaj znowu z Nieprzedawnionym, po czym wrócisz do Przedawnionego. Dowiesz się od niego, że twoim celem są Światożercy – cztery bestie, z którymi musisz się zmierzyć.

Gdy skończysz gadać, wyważ pobliskie drzwi, a potem skorzystaj z liny, by opuścić bunkier. Na szczycie wyjdziesz na powierzchnię. Idź wtedy przed siebie. Zakończy się wówczas prolog. Gdy tak się stanie, zmierzaj do przodu – wyrusz w świat, jak nakazuje gra Biomutant. Po chwili natrafisz na pierwszego Światożercę oraz na niewielką wioskę – zbadaj ją, a znajdziesz ocalałego. Porozmawiaj z nim. Okaże się, że zwie się Milmog. W trakcie konwersacji możesz pomóc Milmogowi, co odblokuje punkt psioniczny.

Nagle pojawi się też Przedawniony, by coś jeszcze Ci powiedzieć. Dowiesz się od niego o dwóch pobliskich plemionach oraz kilku innych sprawach. Rozpoczną się tu też kolejne zadania: Wojna plemion, Drzewo życia oraz Inny świat.