W grze występuje znany z pierwowzoru Systemu Chaosu, który został jednak rozbudowany. Narzędzie to jest swego rodzaju miernikiem naszych działań, wpływając na stosunek świata gry do postaci, którą steruje gracz. Gdy w Dishonored kroczyliśmy ścieżką Wysokiego Chaosu, mordując kolejnych strażników, asasynów czy Płaczków, mieszkańcy Dunwall omijali Corvo szerokim łukiem, ulice pełne były wygłodniałych szczurów, a na bohatera czekali silniejsi przeciwnicy i bardziej skomplikowane pułapki, niż w przypadki Niskiego Chaosu. Zmieniały się też dialogi wśród oponentów, a nad miastem pojawiała się potężna burza. Zależnie od wybranej ścieżki, oglądaliśmy także inny finał rozgrywki. System Chaosu w Dishonored 2 opiera się na podobnych zasadach, ale działa precyzyjniej i ma jeszcze większy udział we wpływie na kreację otaczającego nas świata.