Dishonored 2 oferuje możliwość wyboru bohatera. Otóż historię poznajemy w skórze Corvo Attano lub dorosłej już, 25-letniej Emily Kaldwin. Ostatecznego wyboru dokonujemy w jednym z początkowych etapów gry. Podjęta decyzja jest ostateczna - w trakcie rozgrywki nie będzie możliwe przełączanie się pomiędzy protagonistami, więc jeżeli najdzie nas ochota na spojrzenie na fabułę z innej perspektywy, konieczne będzie rozpoczęcia zabawy od nowa. Zależnie od postaci, w której buty wskoczymy, nieco inaczej potoczy się historia - nie tylko jeżeli chodzi o samą perspektywę, ale też rozwój czy nawet cele do wyeliminowania. Oznacza to, że grę warto zaliczyć więcej, niż jeden raz.

Corvo i Emily dysponują zgoła odmiennym zestawem umiejętności. Podczas gdy mężczyzna nastawiony jest na skrytobójcze działanie po cichu, Emily z wrogami rozprawia się w bardziej otwarty i zarazem widowiskowy sposób. Corvo dysponuje podobnymi skillami do tych z pierwowzoru, aczkolwiek po rozpoczęciu zabawy w Dishonored 2 nie wszystkie z nich będą dostępne od razu. Protektor otrzymuje ponadto kilka nowych umiejętności.