Drugi rozdział gry zatytułowano Ognisko epidemii. Rozpoczyna się on oczywiście od scenki przerywnikowej, a po niej musisz zbadać swoją celę. Zerknij na dziwny przedmiot na ziemi – kostkę. Gdy to zrobisz, obejrzysz jeszcze jedną scenę. Cela się otworzy, a ty będziesz mógł uciec. Idź w jedynym możliwym kierunku.

Gdy zejdziesz po schodach, porozmawiaj z więźniem, który będzie krzyczał zza krat. Dostaniesz od niego nożyk, a wtedy idź dalej. Po tym, jak przejdziesz po pomoście, wkroczysz do czegoś w rodzaju sterowni, a tam najpierw postępuj wedle wskazówek na ekranie, po czym walcz z pierwszym przeciwnikiem. Pokonaj go i przy pomocy panelu otwórz celę Eliasa. Wróć następnie do mężczyzny.

Elias będzie przy kracie, ale nie będzie mógł z Tobą iść. Śmigaj więc dalej przed siebie, albowiem znaleźć musisz windę. Po drodze natrafisz na przeciwnika i dowiesz się, jak robić bloki. Zjedź na dół platformą i idź znów w jedynym możliwym kierunku. Gdy wyjdziesz z wąskiego przejścia, pojawi się przeciwnik. Pokonaj go, po czym zerknij na panel z lewej – będzie tam pistolet do zastrzyków zdrowia. Weź go, skorzystaj w razie potrzeby i idź dalej, do windy. Skorzystaj z niej, a trafisz do Izolatki.

Na dole śmigaj przed siebie. W pomieszczeniu z klatkami znajdziesz Konwerter energii, który będziesz mógł później sprzedać. Weź go zatem i kontynuuj. W korytarzu z celami, zerknij do pierwszej z lewej, a znajdziesz nieco zdrowia. Idź spokojnie do drzwi na końcu korytarza, bo nic Cię tu nie zaatakuje. W drugim korytarzu, trzymaj się lewej, a w celi znajdziesz Kredyty Callisto. W celi z prawej nie ma nic, więc otwórz wrota i do przodu. Pokonaj małą pokrakę, gdy na Ciebie skoczy i skorzystaj ze schodów.

Przeszukaj skrzynię z prawej i idź w lewo, by skorzystać z windy do góry. Po przejażdżce, zmierzaj do przodu. Za moment przejście będzie zablokowane. Zerknij wtedy na lewo, a zobaczysz szyb wentylacyjny. Zrób z niego użytek, ale nie wychodź od razu na zewnątrz. Poczekaj aż odejdzie robot. Musisz bowiem unikać jego wzroku. Przejdź na drugą stronę korytarza, w którym jest robot, a potem trzymaj się lewej – ciągle pamiętaj o kucaniu. Na końcu, gdy robot zniknie za drzwiami w oddali, zerknij na panel przed sobą – będzie tam zdrowie. Weź pistolet do zastrzyków i rozejrzyj się po okolicy.

Zerknij do drzwi z lewej, a znajdziesz szafki, w których będą kredyty Callisto oraz nieco zdrowia. Możesz przejść jeszcze do kolejnego pomieszczenia, albo wrócić. Idź do drzwi obok tych z pistoletem do zastrzyków, a znajdziesz salę operacyjną. Będzie tam skrzynia do przeszukania, ale w środku będzie tylko jakaś mała pokraka, więc zostaw ją w spokoju. Zamiast tego zerknij na nagranie (Spotkanie z Mahler) oraz na panel, w którym będzie bezpiecznik – weź go koniecznie. Idź następnie po pobliskich schodach do góry. Ścieżka ta zaprowadzi Cię do sekcji zwanej Półpiętro M123. Umieść bezpiecznik w panelu obok, otwórz drzwi i do przodu. Pokonaj płonącego stwora i idź dalej. Gdy wejdziesz do pomieszczenia z mrugającym światłem, rozejrzyj się dookoła, by zgarnąć nieco zdrowia i obejrzeć hologram. Dalej pójdziesz za sprawą szybu wentylacyjnego na ścianie.

Po wyjściu z szybu czeka Cię walka z dwoma przeciwnikami. Pokonaj jednego z nich, a drugi ucieknie. Pamiętaj, by zmiażdżyć zwłoki zlikwidowanej pokraki – może przy nich coś być. Potem idź dalej, prze kolejny szyb wentylacyjny. Wyjdź z niego, by obejrzeć scenkę przerywnikową. Zgarniesz w jej trakcie pałkę ogłuszającą. Podejdź następnie do komputera i wejdź z nim w interakcję. Idź następnie w kierunku drzwi z prawej – kieruj się na dziurę w ziemi, bo zaraz z niej wyskoczy pokraka. Wyprowadź szybką serię ataków, aby nabić ją na kolce z tyłu. Gdy to zrobisz, kontynuuj przez drzwi, potem przez kolejne i jeszcze jedne. Chwilowo nic Cię nie zaatakuje. Po trzecich drzwiach, w głównym przejściu, zacznij się skradać. Zgarnij zdrowie z prawej i cały czas do przodu.

Stań w drzwiach w pobliżu pierwszego potwora i poczekaj aż pójdzie w Twoją stronę. Potem zbliż się do drugiego i zaatakuj. Następnie jeszcze dwa kolejne i będzie po sprawie. Ewentualnie możesz też po cichu sprzątnąć pierwszego stwora, a kolejnych ominąć biegnąć po schodach z lewej do góry. Ominiesz jednak wiadomość, która jest w celi z prawej strony. Na końcu schodów skręć w lewo i idź do strażnicy – uruchom windę, by wjechać wyżej.

W strażnicy, przekradnij się do panelu z prawej i wejdź z nim w interakcję, by obejrzeć scenkę przerywnikową. Po niej weź notatkę leżącą na stole i przejdź przez drzwi, z których wyszły potwory. Gdy przejdziesz przez rozsuwane drzwi, odpali się kolejny rozdział: Następstwa.