PokeStop to podstawowy rodzaj wykorzystywanych przez grę znaczników, z którymi obcować będziemy z największą częstotliwością. Ich zasada działania jest prosta - po zbliżeniu się do takiego punktu na odpowiednią odległość (tak, by jego podstawa leżała w promieniu okręgu renderowanego wokół naszej sylwetki) możemy aktywować go poprzez  wybranie go na mapie, a następnie dynamiczne "smyrnięcie" okrągłego znacznika w lewo lub w prawo. Spowoduje to zmianę koloru tła, a obracająca się ikona prezentująca obiekt Poke Stopu wygeneruje nam kilka przedmiotów które będziemy mogli zabrać ze sobą i wykorzystać w dalszej podróży. Ilość i jakość generowanych przedmiotów jest zależna nie tylko od naszego szczęścia, ale również osiągniętego poziomu.

Po aktywowaniu PokeStopu i zebraniu wyprodukowanych przezeń przedmiotów otrzymujemy drobny bonus doświadczenia (50XP), po czym znacznik staje się dla nas tymczasowo nieaktywny. Kolejny raz będziemy mogli skorzystać z niego po upłynięciu co najmniej 5 minut. Nasze ulubione PokeStopy można również poddawać modyfikacji, chociażby poprzez zainstalowanie przyciągającego dzikie Poksy Lure Module.