Wiedźmin 2: Zabójcy Królów jest bezpośrednią kontynuacją pierwszej części gry. Geralta spotykamy w więziennej celi, kiedy to oskarżony jest o zabójstwo Foltesta. Przesłuchuje go oficer temerskich służb specjalnych, Vernon Roche.

Po wydarzeniach z filmiku kończącego „jedynkę”, Geralt ratując Foltesta przed skrytobójcą staje się jego nadwornym ochroniarzem. W prologu akcję obserwujemy z poziomu retrospekcji. Okazuje się, że podczas oblężenia twierdzy La Vallete’ów ktoś bardzo szczegółowo zaplanował atak na Foltesta, przewidując, że ten po zdobyciu zamku swojej niedoszłej żony będzie sam na sam z dziećmi przetrzymywanymi w klasztornej bibliotece. Był z nim Rivijczyk, a prawdziwy sprawca (również wiedźmin) umknął ścieżką przygotowaną przez komando Wiewiórek.

Geralt przekonuje Roche’a do swojej wersji, ruszając z nim i czarodziejką Triss Merigold na wspólną podróż w celu uchwycenia zabójcy. Drużyna trafia do Flotsam rządzonego przez skorumpowanego urzędnika Bernarda Loredo. Podróżując do miasta na drodze staje nam Iorweth – przywódca Scoia’teal – który postanawia zaatakować grupę.

W środku zastajemy egzekucję Zoltana oraz Jaskra. Zostali oni oskarżeni o konszachty z terrorystyczną organizacją zrzeszającą nieludzki. Dzięki retorycznym umiejętnościom wiedźmina obywa się bez ofiar. Po zapadnięciu zmroku Geralt wraz z Rochem ruszają na przeszpiegi do rezydencji Bernarda, co odbywa się za zaproszeniem samego podejrzanego. Ten zleca nam zabójstwo kejrana – stwora blokującego port we Flotsam. Rivijczyk nawiązuje współprace z inną czarodziejką przebywającą na miejscu – Shealą De Tancarvill.

Po pozbyciu się kejrana, Geralt razem z Triss ruszają na barkę cumującą przy przystani, na której znajduje się ranny zastępca Iorwetha – Ciaran aep Easnillen. Elf zdradza nam, że królobójca to Letho z Gulety, tylko wykorzystując zespół Iorwetha do własnych celów. Po przesłuchaniu podejrzanego Geralt wraz z uwięzionym przywódcą elfów (w ramach pułapki) kieruje się na spotkanie z królobójcą. Ten przyznaje się do zarzucanych mu czynów, lecz w tym samym momencie pojawia się zarówno komando Wiewiórek, jak i oddział żołnierzy Vernona Roche’a.

Jeśli wesprzemy Iorwetha, po powrocie do Flotsam Geralt zastanie rzeź nieludzi dokonywaną przez samych mieszkańców. Rivijczyk wraz dowódcą Wiewiórek zostaną zmuszeni do odbicia barki pełnej elfów i krasnoludów, zaś później do podjęcia decyzji – ratowania zamkniętych na wieży kobiet czy ruszenie w pogoni za uciekającym Bernardem Loredo.

Jeśli wesprzemy Vernona Roche’a, w mieście będzie spokojnie, a wraz z Temerczykiem Geralt opracuje plan zakradnięcia się do rezydencji Loredo i zabicia go za zdradę stanu. W środku, korzystając z pomocy Ves z drużyny Roche’a, pomagamy elfce Moril, która po urodzeniu dziecka Bernarda popełnia samobójstwo. Niemowlę trafia w ręce Seherima, ukochanego Moril.

Tak czy owak ruszamy w podróż za Letho. Na przedpolach Vergen wraz z Jaskrem, Zoltanem i Iorwethem/Rochem jesteśmy świadkami walki rojalistów z rebeliantami. Zostaje uaktywniona dawna klątwa Sabriny Glevissig, przez co teren, na którym rozegrała się niegdyś wielka bitwa, spowija mgła wojny i tysiące duchów odgrywających swoje dawne role. W międzyczasie wiedźmin ratuje życie Saskii i Stennisowi (wtedy na pomoc przybywa czarodziejka Filippa Eilhart)/Henseltowi.

Działając z Iorwethem przenosimy się do Vergen. Saskia zostaje otruta, zaś naszym zadaniem jest sporządzenie antidotum. Po uratowaniu przywódczyni nieludzi okazuje się, że to ona jest smokiem pojawiającym się niespodziewanie na polach bitew. Filippa, manipulując jej umysłem, zmusza Geralta do zawarcia niekorzystnego paktu i teleportuje się wraz ze Smokobójczynią do Loc Muinne.

Działając wraz z Rochem trafiamy do obozu Kaedweńczyków, który znajduje się po drugiej stronie upiornej mgły. Okazuje się, że przeciwko królowi zawiązała się konfederacji, zaś naszym zadaniem jest rozwiązanie spisku. W międzyczasie udaremniamy zamach na Henselta, przeprowadzonego przez Serrita i Egana – współpracowników Letho. Z ciała jednego z nich Detmold, nadworny czarodziej, odprawiając zakazane rytuały dowiaduje się o kryjówce królobójców. Roche za to bierze udział w spisku, zostaje nakryty i ostatecznie dobiera się do skóry kaedweńskiego przywódcy – decydujemy, czy puszczamy go wolno, czy zabijamy. Ponadto delegacja Nilfgaardu stacjonująca w obozie porwała Triss

Ostatecznie docieramy do Loc Muinne na wielki kongres władców i czarodziejów. W trakcie dowiadujemy się, że Nilfgaardczycy przetrzymują Triss Merigold jako swoją zakładniczkę. W zależności od tego, komu Geralt pomógł w poprzednich aktach, inaczej potoczą się jego losy. Wybieramy pomiędzy ratunkiem Triss, Anais lub Filippy uprowadzonej przez króla Radowida.

Kiedy decydujemy się na ratunek ukochanej czarodziejki, obracamy w perzynę obóz „czarnych”. Triss znajduje się w podziemnym lochu; wyjawia nam plany Loży Czarodziejek.

Kiedy decydujemy się na ratunek Anais, nieślubnej córki króla Foltesta, ścieramy się bezpośrednio z Detmoldem. Vernon Roche zabija porywaczy, zaś my wybieramy czy posłać dziecko do obozu Radowida, czy do stronnictwa Temerczyków – Temeria odrodzi się albo pod protektoratem Redanii, albo będzie niezależna.

Kiedy decydujemy się na ratunek Filippy, jedynej czarodziejki zdolnej do odczynienia zaklęcia z Saskii, Geralt forsuje wraz z Iorwethem redańską część Loc Muinne. Następnie wiedźmin pomaga w poszukiwaniach sztyletu mogącego przerwać czar rzucony na Smokobójczynię – dochodzi do starcia z ogromnym golemem, które Riv i elf wygrywają.

Na obradach Letho przyznaje się do zarzucanych mu czynów, wskazując na Lożę Czarodziejek jako zleceniodawcę zamachów. Ta ucieka wraz z Saskią zamieniona w smoka – potwora zabijamy w walce (lub odczyniamy urok – ścieżka Filippy), a czarodziejkę wydajemy Radowidowi lub też zabijamy.

Po powrocie za mury miejskie Loc Muinne (każde starcie opisane wyżej było na przedpolach miasta) spotykamy albo Roche’a, albo Iorwetha w nieciekawej sytuacji (w zależności od tego, za kim opowiedzieliśmy się wcześniej). Wiedźmin udziela pomocy zagrożonemu kompanowi i rusza na spotkanie twarzą w twarz z Letho. Jeśli Geralt nie uratował  Triss, antybohater zrobił to za nas. Po krótkiej rozmowie dokonujemy wyboru – walczymy z wiedźminem lub też pozwalamy mu odejść wolno.

Na koniec wraz z Triss oraz Rochem/Iorwethem opuszczamy Loc Muinne.