Zadanie Gdzie jest Johnny rozpoczyna się automatycznie po tym, jak wykonasz misję fabularną Metamorfozy. Aby zacząć realizację zadania musisz udać się do Afterlife. W środku porozmawiaj z Johnnym i weź pigułki od Misty. Następnie pij i obserwuj wydarzenia, okazyjnie coś mówiąc.

Wreszcie porozmawiasz z Rogue jako V i odzyskasz kontrolę nad bohaterem, a gdy tak się stanie pogadaj z Johnnym, wstań i poczekaj na telefon od Rogue. Odbierz rozmowę, po czym udaj się do Afterlife. Rogue powie Ci tam wszystko, czego się dowiedziała, najpierw jednak musicie dojść do jej samochodu.

Z bagażnika wyciąg kurtkę, załóż ją i podziękuj, po czym wsiądź na siedzenie pasażera. Gdy dotrzecie do celu, wysiądź z auta i śmigaj za Rogue. Potem zaś kieruj się na wskazany punkt nawigacyjny, albowiem znaleźć musisz dataterm – staraj się zrobić to po cichu. Przy terminalu podłącz się do niego i zerknij na wiadomości oraz pliki. Następnie poszukaj Smashera na pokładzie statku Ebunike. Okaże się, że go tu nie będzie, ale znajdziesz Graysona - sprzątnij go, weź broń, która kiedyś należała do Johnnyego i porozmawiaj z kolesiem. Spróbuj dowiedzieć się gdzie jest Smasher.

Jeśli nie zabijesz Graysona, skieruje Cię on do kontenera, w którym jest coś cennego. Weź kartę i porozmawiaj z Rogue, a potem z Johnnym. Jeśli oszczędziłeś Graysona, udaj się do panelu podnośnika, by opuścić kontener. Otwórz drzwi, a zgarniesz całkiem efektowny samochód~- Porsche Johnny’ego! Wsiądź do auta i jedź na pola naftowe. Na miejscu poszukaj zwłok i zeskanuj Graffiti – jest praktycznie w punkcie docelowym (na zbiorniku wysoko ponad ziemią). Okaże się, że nic tu nie ma, więc siądź na miejscu, by pogadać z Johnnym. Jak wypiszesz inicjały kompana na kawałku blachy i wybierzesz napis na nagrobku, będziesz w stanie kontynuować, kończąc niniejszą misję. Rozpocznie się tu też kolejne zadanie: W starym kinie.