Zabawę rozpoczynamy dość nietypowo, gdyż czeka nas rozegranie walki powietrznej, będąc częścią formacji nowoczesnych myśliwców, w których oddział YoRHa przystępuje do szturmu na zajęte przez maszyny tereny. Celem misji jest wyeliminowanie wrogiej jednostki, olbrzymiej maszyny typu Goliath. Omawiany fragment gry ma zarazem formę samouczka. Pamiętaj jednak, że w prologu nie ma zapisu stanu rozgrywki więc każdy zgon oznacza rozpoczęcie gry od nowa. 

Po krótkim wstępie fabularnym przejmiesz kontrolę nad jednym z myśliwców, za sterami którego zasiada protagonistka. Początkowo będziesz miał do czynienia z widokiem z góry, mając jedynie wpływ na zmianę położenia maszyny na ekranie. Na tym etapie jest to kluczowy manewr, gdyż chwilę później Twoim zadaniem będzie unikanie potężnej wiązki lasera, wystrzeliwanej przez wrogie jednostki. Wyzwanie powinno być dla Ciebie bułką z masłem, jeżeli tylko zwrócisz uwagę na momenty, w których delikatna poświata namierza statki sojuszników - oznacza to, że lada chwila w dany z nich uderzy strumień lasera i zostanie on zniszczony. Powinieneś więc odlecieć na bezpieczną odległość i poczekać.

Gdy unikniesz pierwszych ataków wrogiego lasera pojawi się krótki przerywnik filmowy, będący przejściem do kolejnego etapu lotu. Kiedy to nastąpi przybędą pierwsze statki przeciwnika, a Ty uzyskasz dostęp do działka pokładowego swojej maszyny. Wrogowie będą atakować pociskami w postaci dużych, różowych kul, które możesz neutralizować swoim działkiem (przycisk R1), zwyczajnie omijać lub unikać za pomocą specjalnego manewru (przycisk R2). 

Po chwili, oponenci dodatkowo zaczną posyłać w Twoją stronę drugi typ pocisków (fioletowe), odporne na Twoje działko - w tym przypadku postaraj się ich również unikać lub skorzystać z “silnego ataku” (trójkąt) by je strącać. W międzyczasie, kolejni z Twoich towarzyszy zostaną wyeliminowani przez laser więc przy okazji uważaj również na niego. Mając na uwadze powyższe, powinieneś bez problemu poradzić sobie w tej sekwencji, po czym nastąpi płynne przejście do kolejnej.

Na tym etapie w powietrzu zostają już jedynie dwa statki - jeden należący do kompana oraz Twój. Po chwili zostaniecie otoczeni przez kolejnych przeciwników, a wasze maszyny zmienią formę na unoszące się w powietrzu mechy.. Dzięki temu zyskasz możliwość strzelania dookoła własnej osi - manewr możesz kontrolować za pomocą prawego analoga. Po wyeliminowaniu pierwszej grupy wrogich statków, niemal od razu na ekranie pojawią się nowe, a niektóre z nich będą używać wiązki lasera. Gdy już się z nimi uporasz, ostatni z Twoich towarzyszy zostanie zestrzelony i będziesz od tej pory walczyć na własną rękę.

W związku z przetrwaniem jako jedyna, 2B otrzyma rozkaz spotkania się z androidem o imieniu 9S, prowadzącym zwiad w okolicy. Możesz więc ruszyć przed siebie w stronę zabudowań, a Twoim zadaniem jest wlecieć do tunelu u ich podstawy. Nie musisz się martwić o to, czy trafisz do celu, gdyż sekwencja jest oskryptowana i stanie się to automatycznie. Kiedy znajdziesz się już w tunelu gra wystawi nieco na próbą Twoją zręczność - statek pędzi szybko, a Ty musisz unikać przeszkód. 

Następnie należy stawić czoła kolejnym grupom oponentów i unikać zagrożeń znanych z poprzednich etapów. Kilkukrotnie zmieni się również perspektywa rozgrywki - na boczną oraz z góry - przez co powinieneś wykazać się odrobiną cierpliwości podczas manewrowania oraz ostrzeliwania wroga. W krytycznych momentach możesz skorzystać z zestawów szybkiego leczenia lub czasowych wzmocnień ataku i defensywy (znajdziesz je klikając panel dotykowy i przechodząc w dół menu lub rozwijając ich listę za pomocą strzałki w dół na d-padzie). W międzyczasie zdobędziesz również 2 poziom doświadczenia. Po pokonaniu wrogich jednostek etap za sterami myśliwca dobiega końca.