Podczas ataku na maszynę typu Goliath, 9S zaginął, a jego system uległ poważnej awarii. Pojawisz się w przestrzeni sieciowej wyglądającej niczym labirynt. Musisz znaleźć z niego wyjście, przemieszczając się kursorem.

Etap ten rozgrywa się w tym samym czasie, kiedy 2B podejmuje się odnalezienia czarnej skrzynki 9S. W tym momencie mają więc miejsce misje, które już znasz z pierwszej kampanii fabularnej, a są to:

• 9S MIA - cz.1
• Redheads
• MIA - cz.2
• 9S MIA - cz. 2
• 9S - Captured

Kiedy dotrzesz do końca systemu, okaże się, że fabuła przeskoczyła do momentu mającego miejsce po wyżej wymienionych misjach i pojawi się ostatnia scena z walki z bossem w lokacji Copied City, którą już znasz.

Po custcenie podczas, której 2B zabija Adama i uwalnia 9S, budzisz się w kwaterze 9S, w bazie na księżycu. Android będzie leżał na łóżku, a Twoim zadaniem jest skonfigurowanie jego systemu. W tym celu przytrzymaj trójkąt by dostać się do systemu 9S.

Kiedy pojawisz się w systemie, pierwsze co musisz zrobić to konfiguracja pamięci. Podjedź więc kursorem do poszczególnych jednostek pamięci i aktywuj je wciskając trójkąt. Następnie należy skonfigurować stronę wizualną więc aktywuj kolejne jednostki.

Udaj się następnie w górę systemu i wybierz jednostkę serwera. Okaże się, że w systemie jest jakiś problem więc po chwili dostaniesz dostęp do portu serwera. Poruszaj się w górę systemu i aktywuj po kolei wszystkie serwery łamiąc kolejne zabezpieczenia, aż misja dobiegnie końca.

Rozpocznie się nowe zadanie, Resque 2B.