Pierwszym etapem prologu androida 9S jest gra jako jeszcze inna postać, a mianowicie mały robot. Zabawę rozpoczynamy od cutscenki, w której wspomniany robocik próbuje naprawić poległego towarzysza. Kiedy już przejmiesz nad nim kontrolę udaj się przed siebie i skręć w prawo. Powinieneś wtedy dostrzec rurę, z której cieknie olej. Gdy się do niej zbliżysz robot stwierdzi, że pomoże on jego kompanowi, lecz najpierw musi znaleźć coś, w co może go nabrać. Idź więc nieco dalej, omijając skrzynie i inny złom, aż w kącie obok zablokowanej gruzowiskiem windy znajdziesz kilka wiader. Pierwsze z brzegu będziesz mógł wziąć. Zrób to i wróć do rury z cieknącym olejem.

Gdy zbliżysz się ponownie do rury robot podłoży wiadro pod strumieniem cieczy i po chwili się ono napełni. Idąc z pełnym wiadrem postać jest spowolniona, lecz nie bądź niecierpliwy. Jeśli podskoczysz, robot się przewróci, wylewając olej z wiadra i będziesz musiał powtórzyć czynność od nowa. Uważaj również na rozrzucone dookoła rury - jeśli na którąś wejdziesz stanie się to samo. Z napełnionym wiadrem wróć więc do miejsca gdzie leży drugi robot. 

Po chwili pojawi się cutscenka, w której męski android 9S obserwuje całą sytuację. Potem dostrzega on na niebie nadlatujące myśliwce (jest to oddział androidów YorHa, w którym znajduje się 2B - przebieg tej misji znajdziesz tutaj). 

Gdy już będziesz mógł sterować 9S, Twoim zadaniem jest zlikwidowanie systemów obronnych fabryki maszyn, by jego towarzysze bez przeszkód dokonali szturmu. Na początku powinieneś zwrócić uwagę na kilka interakcji: 

• po prawej zauważysz drabinę więc podejdź i naciśnij wymagany przycisk, aby ją wysunąć, co umożliwi dostanie się do myśliwca;
• idąc prosto do końca platformy, na której stoisz znajdziesz skrzynię, a w niej przedmiot leczący, Large Recovery;
• zerkając w lewo dostrzeżesz podest, na którym znajduje się automat z ikonką interakcji. Obok automatu znajdziesz przedmiot - Natural Rubber, natomiast uaktywniając  urządzenie uruchomisz dźwig. jeśli po nim przejdziesz i wskoczysz przez otwór do środka pojawi się jedno z zakończeń gry (będzie to zakończenie G) i rozpoczniesz prolog od nowa.

Gdy zjedziesz po wspomnianej wcześniej drabinie w pobliże swojego myśliwca będziesz mógł do niego wskoczyć bądź sprawdzić jeszcze dwa miejsca:

• schodki w górę po lewej stronie myśliwca - jeśli nimi pobiegniesz dostaniesz ostrzeżenie, a po chwili również pojawi się zakończenie G;
• schody w dół po prawej stronie myśliwca - na samym dole znajdziesz zwłoki androida i przedmiot Heal Drops Up; jeśli pobiegniesz w głąb lokacji również pojawi się zakończenie G, nagradzające Twoją ciekawość.

Po sprawdzeniu wspomnianych miejsc wskocz do myśliwca. Czeka Cię krótka sekwencja walki w tunelu, podczas które musisz wyeliminować duże grupy latających maszyn. Bądź uważny i nie daj się przygwoździć nadlatującymi pociskami. Pamiętaj przy okazji, że 9S korzysta z umiejętności regeneracji zdrowia gdy przez kilka sekund nie otrzymuje żadnych obrażeń. 

Po rozegraniu tego etapu wlecisz do podziemi, gdzie Twoim zadaniem będzie zniszczenie czterech systemów obronnych. Znajdziesz się więc na skrzyżowaniu czterech tuneli i będziesz mógł niszczyć wrogie urządzenia w dowolnej kolejności, eliminując grupki przeciwników przed dostaniem się do nich. 

Niektóre urządzenia jak i przeciwników będziesz mógł niszczyć poprzez hakowanie kiedy ujrzysz ikonę trójkąta i przytrzymasz ten przycisk na padzie - podczas hakowania pojawi się nowy ekran, gdzie będziesz sterował swego rodzaju kursorem. By hakować przeciwników i działka strzelaj nim do czarnej kropki na ekranie i unikaj kolorowych, a gdy hakujesz system obronny przebijaj się strzelając do czarnych bloczków, a dostaniesz się do wspomnianej kropki i będziesz mógł ją zniszczyć. Pamiętaj, że na na hakowanie masz ograniczoną ilość czasu, około pół minuty. Po zniszczeniu czterech systemów obrony czeka Cię kolejna sekwencja w tunelu i nowe grupy latających maszyn. Bezpośrednio po niej nastąpi pierwsze spotkanie z 2B, która właśnie ukończyła pierwszą fazę walki z Goliathem.

Po rozmowie z 2B ponownie wlecisz do tunelu, gdzie czeka Cię najtrudniejsza sekwencja. Przeciwników będzie bardzo dużo więc miej się na baczności. Kiedy jest zbyt gęsto od oponentów i wrogich pocisków, spróbuj walczyć trzymając cały czas przycisk odpowiedzialny za strzał i maszując dość szybko przycisk uniku. Trajektorię pocisków Twojego działka kontroluj prawym analogiem. Całość nie jest może zbyt wygodnym rozwiązaniem jeśli chodzi o samo sterowanie, lecz zapewni Ci bezpieczeństwo. Kiedy przetrwasz opisaną sekwencję, spotkasz 2B walczącą z Goliathem w dalszych fazach potyczki. Nadchodzi więc kolej abyś rozegrał walkę z bossem z perspektywy 9S. Po jej zakończeniu nastąpi koniec prologu.