Fabuła Stranded Deep jest bardzo szczątkowa. Rozgrywkę rozpoczynamy w samolocie, który w trakcie potężnej burzy doznaje awarii i w efekcie czego spada do oceanu. Jako jedyna żywa osoba budzimy się w pontonie ratowniczym i musimy, niczym Robinson Crusoe, przetrwać na bezludnych wyspach i pośród otaczającej nas zewsząd wody.