Pierwszym i najważniejszym etapem zabawy jest eksploracja galaktyki. Tylko dzięki niemu znajdziemy nowe miejsca do założenia kolonii, zdobędziemy źródła surowców i poszerzymy znany nam wszechświat. Aby sprawnie poruszać się w kosmosie potrzebujemy jednak dobrego napędu dla naszych rakiet. Początkowa wersja Hipernapędu nie jest niestety wystarczająco skuteczna, aby umożliwić nam szybkie przeszukiwanie przestrzeni. Na szczęście nie jesteśmy bezsilni. Posiadamy bowiem różne laboratoria oraz placówki badawcze zajmujące się opracowywaniem nowych technologii. Zlecamy opracowanie nowej wersji Hipernapędu, a nasi naukowcy szybko i sprawnie przygotowują bardziej satysfakcjonującą wersję, dzięki której wyruszymy do najdalszych zakątków świata.

Kolejnym etapem gry jest ekspansja. Polega ona na opanowywaniu coraz większej ilości planet poprzez zakładanie na nich kolonii. Początkowo posiadamy jedynie jedną na Ziemi, lub też innej rodzimej planecie wybranej wcześniej rasy. Dopiero w miarę progresji w grze, przejmujemy pod swoje skrzydła inne światy. Każdy z nich służy nam oczywiście za stację badawczą, bazę wypadową, lub też inne przydatne miejsce, dzięki któremu szybciej wpłyniemy na rozwój własnej cywilizacji. Tutaj także przydaje się rozbudowane drzewko technologiczne. Znajdziemy w nim bowiem placówki dające pożywienie, banki, oraz inne przydatne budowle.

Niezwykle ważnym etapem zabawy w Galactic Civilizations 2: Włady Strachu jest wykorzystywanie zdobytych sojuszników. Dzięki dobrym stosunkom z innymi frakcjami możemy bowiem liczyć na ich pomoc w trakcie ataku, pozyskiwać tanio surowce nie dostępne we własnych koloniach, i wspierać się w razie potrzeby.

Na koniec pozostał ostatni aspekt rozgrywki czyli eksterminacja napotkanych przeciwników. Polega ona na pozbywaniu się niewygodnych frakcji, które pragną zlikwidować naszą rozrastającą się cywilizację. Tutaj po raz kolejny niezwykle ważne jest opracowywanie nowych technologii. Bez wystarczająco potężnej obrony planetarnej oraz odpowiednio uzbrojonych statków kosmicznych, bardzo szybko zostaniemy wytępieni przez przeważające siły wroga. Na szczęście szybki i skuteczny rozwój pozwala na osiągnięcie przewagi technologicznej oraz liczebnej.

Pomimo ogromnego rozbudowania, drzewko technologiczne posiada znaczącą wadę. Nigdzie nie mamy wyjaśnionych zawartych w nim technologii. Autorzy podali jedynie na co dana technologia ma wpływ, aby jednak faktycznie zauważyć co się zmieniło po jej opracowaniu potrzeba rozegrać kilka tur. Dopiero wówczas ujawniają się poczynione zmiany. Trochę przeszkadza to w skutecznym opracowywaniu rozwoju cywilizacji i zmusza do gry na chybił trafił. Dobrze, że możliwe jest zapisywanie i wczytywanie stanu gry w dowolnym miejscu, więc nawet po dokonaniu błędnego wyboru istnieje szansa na jego odwrócenie.