Akcja Wiedźmina rozpoczyna się w roku 1270 – pięć lat po wojnie Królestw Północnych. Geralta poznajemy w momencie, gdy kompletnie wyczerpany salwuje się ucieczką przed ścigającym go Dzikim Gonem. Z opresji ratują go starzy przyjaciele – Lambert oraz Vesemir. Rannego wiedźmina zabierają do swojej siedziby – Kaer Morhen.

Spokój nie trwa jednak długo, ponieważ chwilę po incydencie z Geraltem, Kaer Morhen zostaje zaatakowane przez grupę przestępczą zwaną Salamandrą. Ta zorganizowana szajka, którą dowodzi zerrikański mag Azar Javed, napada na zimowisko wiedźminów. W szturmie na Kaer Morhen uczestniczy również zabójca do wynajęcia, Magister, oraz inny czarodziej – Savolla. Ten ostatni kontroluje legendarnego potwora – Przerazę. Wraz z grupą wiedźminów, Geralt stawia czoła poczwarze, jednak Azar wraz Magistrem uciekają z wiedźmińskimi tajemnicami – mutagenami oraz eliksirami potrzebnymi do przeprowadzenia Próby Traw.

W starciu z bandytami ranna zostaje kochanka i zarazem przyjaciółka Geralta, czarodziejka Triss Merigold. Po tych wydarzeniach Geralt, Vesemir, Lambert oraz Eskel ruszają w cztery strony świata, by zdobyć jak najwięcej informacji na temat Salamandry. Wiedźmin udaje się na południe – trafia do Wyzimy, stolicy Temerii.

Na Podgrodziu, przygranicznej wiosce, spotykamy starą przyjaciółkę – Shani. Opowiada o wydarzeniach, które ominęły Geralta w przeciągu tych pięciu lat, które ktoś wymazał mu z życiorysu. Wyzima jest w stanie kwarantanny i aby swobodnie poruszać się po mieście potrzebny jest glejt. Tropiąc Salamandrę rozwiązujemy konflikt pomiędzy mieszkańcami a wioskową guślarką Abigail – skazując ją lub ratując od linczu. Następstwem tej decyzji jest zabójstwo lub ratunek niemal całej wioski i odkrycie spisku między Salamandrą lub urzędnikami. Ostatecznie, dzięki zabiciu nawiedzającej Podgrodzie poczwary – Bestii – Geralt toruje sobie drogę do Wyzimy Klasztornej. Jednak krótko po tym zostaje aresztowany.

Z więzienia ratuje się dzięki pokonaniu kuroliszka, który zamieszkał miejskie kanały. Dzięki Zygfrydowi, rycerzowi Zakonu Płonącej Róży, wiedźmin odkrywa siedzibę detektywa Raymonda Maarloeve’a. Wraz z nim prowadzi śledztwo przeciw zorganizowanej grupie przestępczej, krok po kroku odkrywając spisek zaplanowany przez Azara Javeda. Geralt odtwarza wejście do legendarnej wieży maga na Bagnach, ponieważ według Raymonda, to tam znajdzie odpowiedzi na wszystkie pytania. Gdy udaje mu się zebrać pradawne księgi okazuje się, że wcześniejsze domysły Geralta nie były bezpodstawne – Raymond to tak naprawdę Javed, który zabił detektywa, by samemu prowadzić zabójcę potworów do swojego celu. Geralta z opresji ratuje Triss Merigold.

Po zawierusze na Bagnach, Geralt budzi się w prywatnym apartamencie Triss w Wyzimie Handlowej. Otrzymuje od niej dokument upoważniający do podróżowania po tym dystrykcie, co pozwala na swobodną eksplorację. Wiedźmin rozwiązuje sprawę podrobionych glejtów pod nieobecność Króla Foltesta, zaś dzięki zaproszeniu na przyjęcie przez bogatego kupca Leuvaardena, odbywające się w prestiżowej karczmie Nowy Narakort, dowiaduje się o finansowaniu Salamandry przez Addę – królewską córkę.

Śledztwo doprowadza białowłosego do trzech kryjówek Salamandry ulokowanych m.in. na Bagnach oraz Wyzimie Handlowej. Ostatecznie rozbija on szajkę rzezimieszków dzięki pomocy Wiewiórek lub Zakonu Płonącej Róży – w zależności od wyborów, jakie podjął na przestrzeni poprzednich wydarzeń, do ostatecznego starcia przywołuje oddział albo jednego, albo drugiego wojska. Dochodzi do bezpośredniej konfrontacji pomiędzy Geraltem a Magistrem. Przy pomocy królowej kikimor najemnik traci życie, zaś wiedźmin powoduje zapadnięcie się sieci tuneli ulokowanych pod Wyzimą. Po wyjściu na powierzchnię czeka już Adda, która otacza go wraz z żołnierzami i oskarża o zdradę – wiedźmina ponownie ratuje Triss.

Merigold teleportuje białowłosego w okolice wsi Odmęty. Tam Geralt pełni rolę rozjemcy pomiędzy sporem ludzi z „ludźmi jeziora” – rasą vodyanoi. Niezależnie kto uzyska jego poparcie, do brzegu i tak przybija oddział Zakonu Płonącej Róży. Ich zadaniem jest spacyfikowanie okolicznego komanda Wiewiórek. Wiedźmin opowiada się po jednej ze stron lub zostaje neutralny – ucieka wraz z Alvinem oraz Jaskrem już po raz ostatni do Wyzimy.

W stolicy Temerii trwa właśnie wojna domowa. Pożoga trawi wszystkie dzielnice – te zostały opanowane przez rycerzy, Wiewiórki oraz zmutowane potwory. Geralt mieczem toruje sobie drogę do siedziby Jakuba de Aldersberba, by z rozkazu samego Foltesta unieszkodliwić mentora Zakonu Płonącej Róży. Walcząc z zeuglem w miejskich kanałach dociera w końcu pod drzwi klasztoru. Po opowiedzeniu się po jednej ze stron, ranny towarzysz (Yaevinn lub Zygfryd) opuszcza Geralta, a przy zachowaniu neutralności za pomocą podstępu pozbywa się towarzyszki Triss i samotnie wchodzi w paszczę lwa.

W środku Jakub opowiada Geraltowi wizję przyszłości świata. Wrzuca go do swojej iluzji – lodowej krainy. To tam wiedźmin poznaje konsekwencje wszystkich swoich wyborów dokonywanych przez całą rozgrywkę, co pomaga mu, lub przeszkadza, w dotarciu do Jakuba. W finałowej walce rozprawia się z de Aldersbergiem i staje naprzeciwko Dzikiego Gonu, którego również pokonuje.

Po wszystkim ostatni raz spotyka się z Foltestem, by ten wręczył mu nagrodę za swe uczynki. W pewnym momencie jednak monarchę atakuje tajemniczy zabójca i Geralt rusza mu na ratunek. Okazuje się, że asasyn ma pionowe źrenice, co jednoznacznie wskazuje na koneksje z wiedźminami – stanowi to jednocześnie wstęp do drugiej części gry.