Akcja Star Wars Jedi: Ocalały zaczyna się w roku 9 BBY (przed bitwą o Yawin). Główny bohater, Cal Kestis, wyrusza na planetę Coruscant, aby pozyskać tajne informacje z pokładu jachtu należącego do senatora Daho Sejana. Po walce i przemierzeniu sporej części miasta Calowi oraz jego koledze zwanemu Bode Akuna udaje się wejść na pokład jachtu i przeszukać tamtejsze komputery. Nagle pojawia się niestety Dziewiąta Siostra. Likwiduje ona senatora, a Cal zmuszony jest do ucieczki. Niestety w międzyczasie życie traci kilku członków drużyny naszego Jedi. Reszta teamu ucieka, a Cal w międzyczasie pokonuje Dziewiątą Siostrę. Niestety nie wszystko idzie zgodnie z planem, albowiem uciekinierzy zaatakowani zostają przez oddział Tie-Fighterów. Modliszka, statek kosmiczny naszego bohatera, zostaje uszkodzona, a w rezultacie Cal zmuszony jest do wylądowania na powierzchni planety Koboh.

Na Koboh zadaniem Cala jest dotarcie do jego dawnego kumpla, Greeza, który prawdopodobnie będzie w stanie naprawić statek. Bohater kieruje się więc na przybytek zwany Saloonem Pyloonem, a przed wejściem do niego natrafia na grupę łupieżców zwanych Bedlam Raiders. Przywódca tejże grupy, niejaki Rayvis, chce się tam rozprawić z obcym zwanym Turgle, który sprzedał mu rzekomo jakiś nieprawdziwy artefakt. Cal broni obcego, w efekcie czego musi się zmierzyć z łupieżcą zwanym Zeik. Po zwycięstwie Rayvis wycofuje się, a Cal wchodzi do kantyny, by porozmawiać z Greezem. 

Następnego dnia Cal wyrusza na poszukiwania żyroskopu, który potrzebny jest do naprawienia Modliszki, a podczas jego poszukiwania natrafia na droida ZN-A4 (albo Zee) z ery Wielkiej Republiki. Cal korzysta z psychometrii na Zee, aby nagle ujrzeć wspomnienia Mistrzyni Jedi zwanej Santari Khri, która setki lat temu dała Zee specjalny przedmiot pozwalający otwierać Komnaty Wielkiej Republiki rozrzucone w różnych obszarach galaktyki. Zee otrzymała też polecenie aktywowania instalacji zwanej jak Leśnym Węzłem. To właśnie w tymże węźle znajduje się klucz do Tanalorr. Cal aktywuje Zee i uwalnia ją spod gruzowiska, a następnie dowiaduje się, że Tanalorr to planeta, ukryta gdzieś pośród pobliskiej międzygwiezdnej anomalii zwanej Pustką Koboh. Ma to być  świat, do którego naprawdę trudno się dostać. Zee i Cal wracają dokantyny, a tam spotykają się z Bode, który przetrwał misję na Coruscant. Zee przekazuje Calowi swoją misję, albowiem świadoma jest tego, że nie może jej zrealizować...