W Deathloop nie ma klasycznego zapisywania postępów. Chodzi o to, że gracz nie może zrobić save'a w dowolnym momencie. Gra robi to po prostu za niego. Automatyczne zapisywanie rozgrywki ma miejsce w bazie wypadowej, czyli przed wkroczeniem do nowego obszaru. Zapis dokonywany jest też na końcu danej misji, a także po zakończeniu pętli i rozpoczęciu kolejnej.

Jeśli chcecie przerwać zabawę w trakcie wykonywania zadania, macie tylko jedną opcję: wprowadzenie konsoli, tudzież komputera w tryb uśpienia. Powrót do zabawy będzie wówczas możliwy w miejscu, w którym ukończyliście rozgrywkę. Inaczej konieczne będzie zaczynanie od obszaru startowego.