Hitman III oprócz regularnego zakończenia, które pokazuje się każdemu, kto ukończył ten rozdział przygód agenta 47, posiada również jedno sekretne. Nie jest ono związane z decyzjami podejmowanymi w trakcie gry, ponieważ takowych nie ma - nasz zabójca nagle nie doznał olśnienia i nie zaczął ostrzegać swoich celów, by nawrócili się z przestępczej ścieżki.

Sekretne zakończenie Hitmana III zawiązane jest z wyzwaniem A New Father z ostatniej misji - Untouchable. W jej trakcie podróżujemy do Rumunii. Na końcu zadania podczas konfrontacji z Arthurem Edwardsem wystarczy poczekać 47 sekund, aby pojawiła się nowa opcja - skorzystanie z serum zaoferowanego przez głowę organizacji The Providence.

Kiedy to zrobimy wyświetlona zostanie scenka przerywnikowa, na której bohater leży na szpitalnym łóżku w dźwiękoszczelnym pomieszczeniu. Z głośników zaś dochodzi głos antagonisty. Zakończenie jest oczywistym nawiązaniem do początków cyklu Hitman: w takich okolicznościach zaczynaliśmy grę w pierwszej części serii, Hitman: Codename 47. Historia zatoczyła koło.

Na szczęście nie jest to kanoniczny finał, a jedynie ciekawy easter egg dla fanów.