Gdy hala zostanie oczyszczona, możemy przejść do finałowego starcia ze Skye Larsen. Kiedy dotrzemy do odpowiedniego miejsca okaże się, że kobieta jest projekcją samej siebie – cyfrowym bytem, przeniesionym z ludzkiej powłoki. Gra postawi przed nami dylemat – czy zamknąć projekt prezeski Blume, a tym samym unicestwić ją na dobre, czy pozwolić jej na kontynuację swojego dzieła i pozostawić ją przy życiu.

Po zakończeniu rozdziału 404 – Interes rodzinny – odblokowujemy specjalne huby ctOS zmodyfikowane przez tę organizację, co pozwoli na realizowanie dla nich kontraktów, które są niczym innym jak zadaniami pobocznymi (na mapie pokazuje się kilka wykrzykników, z których takie misje pobieramy).