W Watch Dogs: Legion dostępnych jest kilka rodzajów misji. Oprócz głównych i pobocznych dostajemy również zadania rekrutacyjne, związane z dzielnicami, a także mniejsze aktywności powodujące przejmowanie poszczególnych obszarów Londynu.

Misje główne związane są ze ścieżką fabularną, w ramach której walczymy z kilkoma przestępczymi syndykatami londyńskiego podziemia – ale nie tylko. Poboczne pozwalają wykonać drobniejsze i te nieco większe przysługi kilku postaciom niezależnym, które poznajemy w trakcie przygody.

Questy rekrutacyjne polegają wyłącznie na realizowaniu przysług przyszłym agentom DedSec, których chcemy wcielić do naszego zespołu. Zaś te związane z dzielnicami są finałowymi zadaniami: pojawiają się dopiero wtedy, gdy wykonamy wspomniane aktywności w każdej z części Londynu, takich jak np. neutralizacja VIP-a, przejęcie danych czy też sabotaż.