W Wasteland 3 oprócz zadań głównych możemy realizować również poboczne, eksplorując dodatkowe wątki, a niekiedy uzupełniające główną fabułę. Niektóre z side-questów są np. wymagane do zrealizowania, byśmy ruszyli z zadaniem głównym. Niemniej jednak w takich sytuacjach będziemy doskonale wiedzieć, co i gdzie zrealizować, aby przejść dalej.