(Patrz: Znajdź sposób nad ostanie się do sterowców) Po zniszczeniu panelu sterowania kamerami obserwującymi sterowce w trakcie wykonywania jednego z zadań głównego wątku, automatycznie rozpocznie się nowa submisja – Okupacja Gotham.

Naszym zadaniem jest zneutralizowanie wież strażniczych milicji sprawujących kontrolę nad przestrzenią powietrzną Gotham. Łącznie jest ich aż 21 i każdą musimy odkryć samodzielnie:

• 8 wież na wyspie Miagani Island
• 4 wieże na wyspie Bleake Island
• 9 wież na wyspie Founders' Island