Zadanie rozpoczyna się w porcie mieszczącym się w dzielnicy zatopionego miasta (Flooded City) bezpośrednio po misji Missile Supply Mission. 2B budzi się kilka godzin po wybuchu ładunku EMP, który nastąpił podczas zniszczenia ogromnej maszyny w walce u boku rebeliantów. Bohaterka musi zlokalizować czarną skrzynkę androida 9S, który zaginął podczas wspomnianej katastrofy. W tym celu należy udać się do obozu rebeliantów by zdobyć specjalny skaner.
 
Znajdując się w porcie ruszaj w stronę zatopionych budynków i przeskakując po nich dostań się w pobliże przerwy między budynkami prowadzącej do wyjścia z portu. Idź ścieżką wzdłuż budynków w stronę wejścia do kanałów, a gdy już tam dotrzesz obróć się w lewo. Obok wejścia do kanałów znajdziesz terminal więc zrób z niego użytek poprzez opcję szybkiej podróży. Nie będziesz mógł się przenieść bezpośrednio do obozu rebeliantów (opcja Resistance Camp będzie zablokowana) więc wybierz sąsiadującą miejscówkę - City Ruins: Center. 

Po przeniesieniu się we wspomniane miejsce pojawisz się na skraju ogromnego leja w centrum miasta. Trzymaj się cały czas jego prawej strony, idź wzdłuż jego krawędzi, wskocz na dach przechylonego budynku i zeskocz nim na niższy poziom. W oddali, przy prawej stronie leja powinieneś zauważyć ścieżkę biegnącą w górę, do miasta więc udaj się tamtędy, trzymaj się dalej skraju leja, mając budynki po swojej prawej, a dotrzesz do strumienia. Skręć więc w prawo i podążaj nim aż do polany mieszczącej się przed bazą rebeliantów. W bazie odszukaj dowódczynią, Anemone i porozmawiaj z nią.

Anemone poinformuje Cię, że aby zdobyć skaner musisz porozmawiać z rudowłosymi bliźniaczkami, Devolą i Popolą, które rezydują w obozie. W ten sposób kończy się pierwsza część zadania głównego 9S MIA, a rozpoczyna się kolejne, o nazwie Redheads. Po jego wykonaniu zdobędziesz skaner, co pozwoli na rozegranie drugiej części 9S MIA.