Misje poboczne to specjalna grupa zadań dodatkowych, nienawiązujących do głównego wątku fabularnego gry. Nie są one obowiązkowe, ale warto je zrealizować po to, aby zdobyć nieco dodatkowego doświadczenia oraz przydatnych przedmiotów. Misje poboczne otrzymujesz najczęściej od napotkanych w świecie postaci niezależnych. Każda określona została sugerowanym poziomem doświadczenia Aloy. Postaci znacząco poniżej tego poziomu mogą mieć problemy z wykonaniem danej misji.

Lista misji pobocznych:

• W ślady swojej matki (poziom 4)
• Zapomniani (poziom 4)
• Nieprzygotowani (poziom 10)
• Zabierać bogatym (poziom 12)
• Chwila spokoju (poziom 12)
• Oręż Loży (poziom 15) - wyśmienita broń w nagrodę
• Fatalne dziedzictwo (poziom 15)
• Uczcić poległych (poziom 16)
• Słoneczna Skała (poziom 20)
• Słońce i cień (poziom 20)
• Śmierć z samego nieba (poziom 25)
• Ambona łowców (poziom 12)
• Czarnogon (poziom 19)
• Góra kłopotów (poziom 17)
• Zemsta córki (poziom 15)
• Tego już za wiele (poziom 7)
• Krew na kamieniu (poziom 24)
• Starożytna zbrojownia (poziom 25) - najlepsza zbroja w grze
• Nagroda za zdrajcę (poziom 21)
• Gambit Królowej (poziom 28)