Wątek fabularny gry Deus Ex: Rozłam Ludzkości to nie tylko zadania główne, rozpisane w ramach opisu przejścia, ale także zadania poboczne. Mimo że ich wykonywanie nie jest koniecznością, warto się nimi zainteresować ze względu na to, iż zapewniają niejednokrotnie sporo punktów doświadczenia, a także istotnie uzupełniają kredyty oraz ekwipunek. Co ważne, niektóre zadania można zrealizować dopiero po dotarciu do właściwego momentu w ramach historii. Informacje na ten temat zawarte są poniżej.

Misje poboczne:

• Dostępne przed zadaniem głównym Cel: Rucker:
  • Neonowe Noce
  • Kult osobowości
  • Złoty Bilet
  • Tajemnicze ulepszenia (zadanie 3-etapowe)
  • Kalibrator
  • Samizdat
• Dostępne po zadaniu Cel: Rucker ale przed GARM:
  • 01011000
  • Wszystko zostanie w rodzinie (wynik decyzji z zadania Kalibrator)
  • Żniwiarz (drugi etap tego zadania to Ostatnie żniwa)
  • Czarna dziura
  • Poprawka
• Dostępne po zadaniu GARM:
  • Ostatnie żniwa (kontynuacja zadania Żniwiarz)
  • K jak Każdy (kontynuacja zadania Samizdat)

Łącznie zadań pobocznych jest 12. Nie wszystkie są dostępne od początku. Część otwiera się dopiero po misjach, w ramach których opuszczamy Pragę. Wszystkie zadania oprócz Tajemnicze ulepszenia należy przed takim wylotem wykonać. Rozpoczęte, a nie skończone, przepadną.