Skrzynie wojskowe to te, które wymagają posiadania specjalnej karty. Nie da się ich otworzyć wytrychem. Ową kartę zdobędziesz w miarę przechodzenia wątku fabularnego, a konkretnie po ukończeniu misji zatytułowanej Zgromadzenie. Idź wówczas do Jasira, a na jego biurku, dostrzeżesz specjalną kartę kodową, umożliwiającą otwieranie skrzyń.

Same skrzynie znajdują się w wielu miejscach w świecie gry. Znajdziesz w nich m.in. amunicję oraz broń palną, często lepszą od tej, którą da się pozyskać bez otwierania skrzyń. Po ukończeniu zadania pobocznego Tajny projekt dostaniesz też specjalny lokalizator, ułatwiający odnajdywanie skrzyń. Będzie on wydawał dźwięki gdy znajdziemy się w pobliżu jakiejś skrzyni. Częstotliwość dźwięków będzie rosnąć w miarę zbliżania się do ładunku.