Zadanie to rozpoczynasz automatycznie, po ukończeniu zlecenia Operacja Czerwony Blask. Pierwszy krok to pogawędka z Desdemoną. Następnie musisz się udać do Instytutu, aby porozmawiać z Z1-14, będzie on na górze głównej windy, w pobliżu przekaźnika. Pogaduszka szybko się skończy, a wtedy musisz zabić wszystkich w pomieszczeniu.

Po chwili na miejscu pojawią się członkowie Trasy. Porozmawiaj z Desdemoną, a następnie zmierzaj w dół, w stronę reaktora, aby podłożyć tam ładunek impulsu fuzyjnego, otrzymany od Desdemony. Jego zdalna detonacja powinna pozwolić na zniszczenie instytutu.

Przebieg misji jest zasadniczo taki sam, jak w przypadku Minutemenów. Po jej zakończeniu oglądniesz scenkę przerywnikową, która stanowić będzie epilog gry. Po scence porozmawiaj jeszcze z Desdemoną.