Zadanie to rozpoczyna się automatycznie, jeśli podczas zlecenia Poziom molekularny zdecydowałeś się skorzystać z pomocy Trasy. Pierwszy krok to załadowanie zaszyfrowanej holotaśmy, którą otrzymałeś od Desdemony, do pobliskiego terminalu. Holotaśma nazywa się Skaner Sieciowy. Z jej pomocą jesteś w stanie przeskanować sieć (ten element to prawdopodobnie bug, bo dotyczy minutemenów), przeczytać wiadomość z instrukcjami od Toma i skopiować zaszyfrowaną wiadomość – zrób ostatnią z rzeczy. Teraz musisz czekać na odpowiedź od Patrioty.

W międzyczasie zejdź natomiast pobliskimi schodami w dół, a usłyszysz głos niejakiego Ojca, który będzie chciał się z tobą spotkać. Po krótkim monologu wejdź do windy i jedź w dół. Rozpocznie się wówczas zadanie Człowiek i Instytucja. Gdy je zrobisz, będziesz miał możliwość swobodnego podróżowania pomiędzy Wspólnotą, a Instytucją.

Po misji Człowiek i Instytucja podejdź też do jakiegokolwiek z terminali i ponownie wczytaj holotaśmę Skaner Sieciowy. Na ekranie powinieneś zobaczyć odpowiedź, wpis zatytułowany PilnaOdpowiedź001. Dzięki niej dowiesz się, w którym miejscu spotkasz Patrioty, będzie nim Liam Binet. Odszukaj go i porozmawiaj, a następnie idź za nim. Udacie się wspólnie do atrium. Tam z nim porozmawiaj ponownie.

Dowiesz się, że jest sposób na to, aby uwolnić znaczną grupę synktów. Potrzebujesz tylko loginu oraz hasła do systemu zabezpieczeń ITW. Desdemona powinna wiedzieć gdzie je zdobyć, a w związku z tym udaj się do niej na pogawędkę. Następnie udaj się do terminalu PAM i wprowadź do niego wszystkie pozyskane informacje. Potem porozmawiaj z PAM, a dowiesz się skąd pozyskać hasło do Code Defender. Aby je zdobyć musisz się udać na zachód, do miejsca zwanego Cambridge Polymer Labs.

W środku budynku spotkasz Molly, robota. Pogadaj z nim, albo go rozwal, a wówczas weź klucz dyrektorski do CPL. Wędrując po parterze budynku natrafisz na zamknięte drzwi, prowadzące do pomieszczenia „czystego”. Obok będzie terminal, skorzystaj z niego i wejdź do środka, tam rozpoczniesz zadanie Cambridge Polymer Labs, w ramach którego musisz ukończyć projekt badawczy i znaleźć drogę ucieczki z laboratorium.

Zajmij się zadaniem Cambridge Polymer Labs, a zdobędziesz też hasło, po które tu przyszedłeś. Gdy tak się stanie wróć do Desdemony. Dowiesz się, że plany nieco się zmieniły. Syntki będą musiały pomóc Ci w ich wyzwoleniu. Aby to zrobić musisz się spotkać z Z1-14. Hasło natomiast możesz spokojnie przekazać Liamowi.

Udaj się więc z powrotem do Instytutu. Pogadaj z Z1-14 i powiedz mu o nowym planie. Następnie musisz dać mu jeden dzień na przygotowanie wszystkiego. Udaj się więc do Liama, daj mu hasło i przeczekaj 24 godziny (te growe) przed powrotem do Z1-14, albo zajmij się czymś innym. Odmiennym zadaniem, albo usprawnieniem ekwipunku. Wróć wreszcie do Z1-14. Powie Ci on, że syntki są gotowe, potrzebują jednak broni. Dowiesz się jak ją pozyskać.

Możliwości masz dwie. Jedna to podrzucenie garści broni we wskazane miejsce (opcjonalne zadanie). Druga (konieczna) to wyeliminowanie strażników tunelu, w którym znaleźć można komponenty potrzebne na uzbrojenie synktów. Wejście do tunelu znajdziesz przechodząc pod niebieskim zegarem, później przez drzwi na wprost i drzwi po lewej stronie. Znajdziesz tu starą windę, zjedź nią na dół.

Wyjdź wreszcie z windy i ruszaj do środka, aby wyeliminować strażników. Gdy to zrobisz wróć do Z1-14 i zdaj mu raport z wykonanej roboty. Po rozmowie będziesz mógł kontynuować współpracę z Instytutem, wykonując kolejne zadania dla Ojca. Z1-14 skontaktuje się z Tobą w trakcie gdy będziesz realizował zadanie Mocy, przybywaj.

Po rozmowie z tajemniczym kolesiem udaj się do swojej kwatery. Porozmawiaj tam z Z1-14. Dowiesz się, że Bractwo Stali odkryło miejsce, w którym siedzibę ma Trasa. Musisz ich uprzedzić, udając się na rozmowę z Desdemoną. Zadanie Skryci, tajni i podziemni dobiegnie końca, a rozpocznie się Na skraju wojny.