Zadanie to rozpoczynasz trafiając do siedziby Instytutu, w wyniku wykonania zadania Poziom molekularny. Schodząc w dół po pierwszych schodach usłyszysz głos niejakiego Ojca, poprosi Cię on, abyś wszedł do windy. Zjedziesz nią w dół. Na miejscu wychodź z windy i idź przed siebie. Dojdziesz do jeszcze jednej windy, a wreszcie do pokoju, w którym przebywa Twój syn. Porozmawiaj z nim. Po chwili pojawi się też Ojciec.

Będziesz w tym momencie w stanie dołączyć do Instytutu. Jeśli przyjmiesz propozycję, będziesz w stanie kontynuować zadania dla Instytutu. Jeśli natomiast odmówisz, staniesz się wrogiem Instytutu, co w zależności od tego, którą drogę wybrałeś, otworzy inne opcje progresji.

• Jeśli odmówiłeś, a wcześniej stworzyłeś teleporter z pomocą Minutemenów, to otrzymasz dostęp do zadania Broń zamku.
• Jeśli odmówiłeś, a wcześniej stworzyłeś teleporter z pomocą Bractwa Stali, to otrzymasz dostęp do zadania Powrót do służby.
• Jeśli odmówiłeś, a wcześniej stworzyłeś teleporter z pomocą Trasy, to otrzymasz dostęp do zadania Skryci, tajni i podziemni.

Warto przyjąć propozycję, albowiem w instytucie jest mnóstwo surowców, przydatnych np. do usprawnienia pancerza. Jeśli nie chcesz pomagać Instytutowi, zawsze możesz zmienić swoje plany.

Jeśli przyjąłeś propozycję dołączenia do Instytutu, Ojciec powie Ci, abyś poznał członków tutejszej załogi. Udaj się więc na spotkanie z nimi. Pierwsza osoba będzie piętro wyżej, niejaka Allie. Kolejne w odpowiednich działach, czyli m.in. w dziale systemów zaawansowanych instytutu. Dr. Li zmodyfikuje Twojego Pip-Boya, instalując w nim specjalny chip, pozwalający Ci dowolnie teleportować się z i do instytutu. W BNS Instytutu znajdziesz Justina Ayo. Zajmuje się on głównie pochwytywaniem syntków, którym udało się uciec. Na koniec jest jeszcze dział Bionauk Instytutu, a w nim Clayton.

Po ostatniej rozmowie zakończy się zadanie Człowiek i Instytucja, a rozpocznie Nadzór syntków. Będziesz też w tym momencie w stanie dowolnie podróżować z oraz do Instytutu. Oznacza to, że możesz kontynuować wątek fabularny Instytutu albo jednej z pozostałych frakcji.

Co istotne, w każdym momencie możesz stać się wrogiem Instytutu, jeśli np. zabijesz Ojca, albo innego członka Instytutu – wówczas otworzy się zadanie Wygnanie z Instytutu. Ewentualnie docierając do zadania zatytułowanego Łupy wojenne dla Bractwa Stali lub Mass Fusion dla Trasy, co przenosi walkę do Instytutu.