Zadanie to rozpoczynasz automatycznie, po ukończeniu zlecenia Ad Victoriam. Znajdziesz się tu w siedzibie Instytutu. Najpierw porozmawiaj z Maxsonem, a następnie zmierzaj w dół, w stronę reaktora, aby podłożyć tam ładunek impulsu fuzyjnego. Jego zdalna detonacja powinna pozwolić na zniszczenie Instytutu.

Przebieg misji jest zasadniczo taki sam, jak w przypadku Minutemenów. Po jej zakończeniu oglądniesz scenkę przerywnikową, która stanowić będzie epilog gry. Po scence porozmawiaj jeszcze z Maxsonem. Misja Nuklearna alternatywa dobiegnie końca, a rozpocznie się Nowy świt.