Zadanie to różni się w zależności od tego, jak postępujesz. Misję można wywołać na dwa sposoby, a wówczas przebiega też dwiema ścieżkami: pokojową i zbrojną.

Zadanie to rozpoczyna się w momencie gdy zdradzisz Instytut, nie będąc w jego wnętrzu. Wróć wówczas do Instytutu, wystarczy, że się tam przeniesiesz, i wysłuchaj przemowy Ojca. Po chwili zostaniesz przeniesiony na zewnątrz, a zadanie dobiegnie końca.

Zadanie to otrzymujesz kiedy zabijesz Ojca lub jakiegokolwiek innego członka instytutu będąc w jego wnętrzu. Nie jesteś w stanie wydostać się z instytutu z użyciem szybkiej podróży, a w związku z tym, pędź do windy, którą tutaj trafiłeś. Na górze będzie jedyny teleporter, który umożliwi Ci ucieczkę.

Zablokowane są automatycznie wszystkie misje związane z instytutem, a zatem fabułę kontynuował będziesz w zależności od tego, jaką frakcję wybrałeś podczas misji Poziom molekularny. Ucieczka z instytutu nie będzie łatwa, rzucą się na ciebie bowiem wszyscy, ale jeśli odpowiednio jesteś przygotowany, powinna się powieść.

Gdy wyjdziesz na zewnątrz zadanie dobiegnie końca. W zależności od tego, co wybrałeś, będziesz musiał postępować inaczej:

• Zdecydowałeś się na Minutemenów wcześniej – idź do Garveya Prestona;
• Zdecydowałeś się na Bractwo Stali wcześniej – idź do Paladyna Danse’a;
• Zdecydowałeś się na Trasę wcześniej - idź do Desdemony.