Assassin's Creed: Origins przedstawia nam losy ostatniego Medżaja o imieniu Bayek, którego zadaniem jest ochrona ludzi przebywających w królestwie faraona Ptolemeusza XIII. Władca ten stara się jednocześnie rządzić swoim ludem, a przy okazji rozszerzać wpływy.

Wątek fabularny ma miejsce w trakcie okresu wstąpienia na tron słynnej Kleopatry, co miało miejsce w roku 49 przed naszą erą. Bayek opuszcza swoją wioskę, Siwa, w poszukiwaniu rozwiązania pewnej trapiącej go tajemnicy. Podróż zabiera go do wielu miejsc starożytnego Egiptu, a tam powoli widzi zmiany jakie zachodzą w państwie oraz moment narodzenia się Bractwa Asasynów.

Władzę nad Egiptem sprawuje Zakon Starożytnych - protoplaści Templariuszy. Królem jest Ptolemeusz XIII, młodszy brat Kleopatry, nazywany przez wrogów 'Chłopcem-Królem'. Kleopatra oraz Bayek muszą zakończyć jego rządy, a robią to z pomocą Juliusza Cezara.

Istotnym elementem scenariusza Assassin's Creed: Origins jest wątek, którego akcja rozgrywa się w czasach nowożytnych.