Akcja Risen 2: Mroczne Wody przenosi nas 10 lat do przodu w stosunku do wydarzeń, jakie ukazano w pierwszej odsłonie cyklu. Historia rozpoczyna się w mieście Caldera, w której pozostałe przy życiu siły Inkwizycji postanowiły przygotować ostatni bastion, mający przeciwstawić się potężnym Tytanom.

Sytuację niestety komplikuje fakt, że potężni Tytani, z Krakenem na czele, niszczą wszystko, co stanie im na drodze. Z tego względu większość statków Inkwizycji osiadła na dnie, a wciąż pływające jednostki najpewniej niebawem spotka taki sam los. Powodzenie walki spoczywa więc w rękach głównego bohatera, ponownie Bezimiennego.

Protagonista przez ostatnie 10 lat niestety nie trenował, a zapijał pysk w knajpach oraz swojej kwaterze. Rum stał się jego najlepszym przyjacielem, a brak prawego oka, przykrytego obecnie przez opaskę, dodatkowo pogarsza jego stan psychiczny i fizyczny.

Jeden z przedstawicieli Inkwizycji, znany z pierwszej części Carlos, prosi Bezimiennego o to, aby wyruszył na Tacariguę, a tam postarał się znaleźć pirata Stalowobrodego. Plotka głosi bowiem, że znalazł on jakiś sposób na to, aby stawić czoła Tytanom. Musimy się w związku z tym dowiedzieć jaki.

Ruszamy więc w morze, a wówczas rozpoczyna się właściwa przygoda.