Nioh przedstawia losy człowieka o imieniu William. W początkowych scenach opowiada on o mitycznym złotym kamieniu zwanym Amrita. Jego ogromne pokłady znajdują się w Japonii, a Królowa Elżbieta I stara się zdobyć odpowiednie jego ilości, aby zwyciężyć wojnę z Hiszpanią.

Wiliama spotykamy gdy przebywa on jednej z celi więzienia brytyjskiego Tower of London. Z pomocą ducha opiekuńczego Saoirse, zrodzonego z modlitwy rodzinnej wioski mężczyzny, udaje mu się uciec. Po drodze spotyka tajemniczą postać, Edward Kelley’a, który także pragnie znaleźć kamień Amrita.

Kelley pojmuje ducha Williama, a z jego pomocą odnajduje Japonię. William, żądny zemsty, postanawia ruszyć w poszukiwania mężczyzny. Aby to zrobić trafia do Japonii, mamy rok 1600, gdzie walczy z Oni, plądrującymi okolicę. Zwraca w ten sposób uwagę Hanzo Hattori, który oferuje swoją pomoc w poszukiwaniach Kelley’a. William w zamian musi pomóc w walce z Oni.

Podczas jednej z pierwszych misji protagonista spotyka ducha zwanego Nekomata. Dowiaduje się od niego, że delikatny balans pomiędzy dobrymi i złymi duchami został zniszczony przez blisko wiek wojen w Japonii.

William musi owy balans przywrócić, jednocześnie poszukując swojego nemezis… to ciężkie zadanie spada na barki grającego…