Głównym bohaterem Far Cry Primal jest jaskiniowiec o imieniu Takkar. Poznajemy go, kiedy poluje z grupą swoich wiernych kompanów. Chcą schwytać mamuta - byle małego, albowiem takiego uda im się ubić.

Polowanie idzie całkiem nieźle, mamuta udaje się upolować, ale wówczas Takkar i jego kompani zostają zaatakowani przez lwa górskiego. W wyniku ataku wszyscy ponoszą śmierć. Tylko Takkar przeżywa, a jego dogorywający kumpel prosi go, aby odnalazł krainę Oros oraz przebywających tam ludzi z plemienia Łindża. Takkar wyrusza więc w pełną niebezpieczeństw przygodę.

Niedługo po polowaniu spotyka młodą kobietę, Tailę. Ta niestety zostaje ranna, a Takkar musi jej pomóc, co oczywiście robi. Dziewczyna powraca do zdrowia, a Takkar wyrusza na poszukiwania szamana Tensaia, dzięki któremu protagonista zdobywa umiejętność poskramiania zwierząt i wykorzystywania ich do własnych celów.

Mijają kolejne dni, a jednego z nich wioskę Takkara atakują ludzie Udam. Atak udaje się odeprzeć, ale Ull, przywódca Udam, ucieka i pewne jest, że spróbuje ponownie zniszczyć Łindża. Takkar postanawia znaleźć specjalistów, którzy pomogą mu zwyciężyć. W tym celu rekrutuje rzemieślnika Łoga, wojownika Karusza oraz łowczynię Dźaimę. Wszyscy zapewniają nowe uzbrojenie oraz umiejętności głównemu bohaterowi.

Wykonując kolejne zadania, Takkar natrafia na kolejne niebezpieczeństwo, lud Izila, rządzony przez okrutną Batari. Także z nią nasz protagonista będzie musiał się uporać. Nim jednak to nastąpi, nabiera wprawy i pozyskuje nowe zdolności. Robi to m.in. przejmując dwa forty. W jednym z nich znajduje dowódcę Udam, niejakiego Daha. W drugim natomiast przebywa Roszani. Pierwszy z wymienionych uczy Takkara robić trucizny, a przy okazji Taila w tym samym czasie pokazuje nam jak przygotować odtrutkę. Dzięki Roszani stajemy się natomiast odporniejsi na ogień.

Wreszcie Takkar gotowy jest aby stawić czoła przeciwnikom. Rusza więc do obozów Batari oraz Ulla, zabijając dwójkę despotów. Wraca wtedy do Łindża, a Ci świętują zwycięstwo. Po napisach końcowych widzimy jeszcze jedną scenę. Jej bohaterem jest dziecko, które Takkar znajduje w jaskini Ulla. Dziecko owo poskramia potężnego niedźwiedzia, a wówczas przerywnik się kończy. Może to świadczyć o potencjalnej kontynuacji.