Akcja rozpoczyna się od krótkiego filmiku wprowadzającego, na którym możemy usłyszeć głos pewnej kobiety wykrzykującej nasze imię – Michael. Budzimy się w mieszkaniu Roda Atkinsona. Był on niegdyś szanowanym urzędnikiem państwowym, dzięki czemu może wraz z żoną i chorym synem mieszkać w luksusowej – jak na obóz dla uchodźców – przyczepie kempingowej.

Rod opowiada Michaelowi o tym, co podczas jego śpiączki, działo się na świecie. Ziemię wstrząsnęła katastrofalna w skutkach Wielka Fala – ciąg tajemniczych apokalips przyrodniczych – oraz epidemią nieznanej choroby „rozpuszczającej” umysł oraz ciało  poszkodowanego. Straciliśmy całą pamięć, więc nie wiemy, kim byliśmy, co robiliśmy, ani czy ktokolwiek nas szuka. Atkinson prosi nas o odnalezienie leku na ów przedziwną przypadłość, ponieważ jego jedyny potomek – Collin – również padł jej ofiarą. Podobno lekarstwo skrywane jest w ośrodku medycznym wybudowanym w zrujnowanym mieście.

Wszystko okazuje się jedną wielką mistyfikacją. Po dostaniu się do ośrodka dowiadujemy się, że mit o lekarstwie nadal jest przetrzymywany, ponieważ rozpala nadzieję tak potrzebną tym ludziom. Nikt nie wie, jak wyleczyć syndrom „rozpuszczenia”, zaś „ośrodek medyczny” jest de facto składowiskiem oraz umieralnią ludzi chorych.

Wizje oraz głos nieznanej kobiety nie dają nam spokoju. Po pewnym czasie trafiamy na mieszkanie oznaczone imieniem Michael. W rzeczywistości jest to nasz apartament z czasów, kiedy porządek świata nie był zachwiany. Dzięki katarynce, która była w środku, poznaliśmy wszystkie fakty o swoim dawnym życiu – tajemniczym głosem okazała się zmarła żona, Emily.

Później odnajdujemy starego przyjaciela, Chrisa. Niegdyś był redaktorem naczelnym pewnej gazety, my zaś pracowaliśmy dla niego jako fotograf. Prosi nas o odnalezienie Sary, jego małżonki, która miała spotkać się z informatorem w kanałach miejskich. Niestety, Sarę znajdujemy przy kracie odpływowej – została śmiertelnie postrzelona. Wciąż jednak miała przy sobie pendrive z danymi, które mogły odmienić losy, i tak zrujnowanego, świata.

Po zdobyciu generatora do starego laptopa Chrisa odczytujemy ściśle tajne zapiski rządowe. W rzeczywistości istnieje coś takiego, jak „Dead Synchronicity Point”, do którego niechybnie zmierza świat. Chodzi o zaburzenie chronologii wydarzeń – przeszłość zmieszała się z teraźniejszością oraz przyszłością, czego pierwszymi objawami są właśnie katastrofy naturalne oraz enigmatyczna epidemia.

Ponadto chorzy na „tę chorobę” są w pewien sposób ze sobą powiązani. Kwestię tę wyjaśnia Collin, syn Roda, z którym kontaktujemy się w sprawie wiadomości właśnie od Emily. Zarówno przed, jak i po „rozpuszczeniu” chorzy przebywają w mistycznym miejscu zwanym Underground Highways. Koniec końców również i Chris namawia Michaela do wykonania specjalnego testu, mającego potwierdzić obecność komórki odpowiedzialnej za powstawanie tego niezbadanego schorzenia. Wynik jest pozytywny, a to oznacza, iż także główny bohater wkrótce może umrzeć.

Jest jednak nadzieja na odwrócenie losów świata. Dzięki możliwości przenoszenia się do Underground Highways, którą zdobył Michael, może usunąć ów Dead Synchronicity Point, dzięki czemu wszystko wróci na swoje dawne tory.

Zakończenie Dead Synchronicity: Tomorrow Comes Today jest otwarte, zaś deweloperzy przygotowują kontynuację przygód Michaela z podtytułem Underground Highways.