W Assassin’s Creed: Unity wcielamy się w gracza, zasiadającego przy urządzeniu zwanym Helix, opracowanym przez firmę Abstergo, potrafiącym uzyskać dostęp do genetycznej pamięci osoby, która z niego korzysta.

Historia zaczyna się od sceny, w której bohater obserwuje scenę rabunku w Paris Temple, a następnie pojmania Jacques’a de Molay, Wielkiego Mistrza Templariuszy. Całość rozgrywa się w 1307 roku. Podczas rabunku, De Molay powierza innemu Templariuszowi miecz oraz księgę, które owy Templariusz chowa we francuskiej krypcie. Po chwili cena przeskakuje do przodu, do momentu kiedy De Molay ginie na stosie, przeklinając Króla Filipa IV oraz Papieża Clementa V.


W tym momencie asasyni przejmują sekwencję pamięci i chcą aby gracz do nich dołączył. Pokazują mu wewnętrzną notkę filmową Abstergo, w której korporacja opisuje pojmanie Mędrca (Sage), zawierającego DNA prekursora, posiadające trzy spirale, zamiast dwóch. Następnie dowiadujemy się o tym, że Abstergo planuje w jakiś sposób skompilować pełen genom prekursorów, aby wykorzystać go w jakiś niecnych celach. Asasyni dają wtedy graczowi dostęp do kolejnej sekwencji pamięci, gdzie zadaniem gracza jest odnalezienie kolejnego Mędrca. Asasyni liczą na to, że uda im się odzyskać jego zwłoki.

Sekwencja przeskakuje w tym momencie do Arno Doriana, syna francuskiego szlachcica, który spotyka się z Elise, córką Wielkiego Mostrza Templariuszy. Spotkanie ma miejsce w 1776 roku. Po tym, jak ojciec Arno zostaje zamordowany w Pałacu, Wielki Mistrz De La Serre adoptuje młodieńca, mimo iż był on świadom tego, że jego ojciec był asasynem. Arno nic o tym nie wie. Po chwili znowu przeskakujemy do przodu o kilka lat. Widzimy młodą Elise (16-latkę), uczestniczącą w swojej inicjacji do zakonu Templariuszy. Ma to miejsce w 1789 roku. Arno otrzymuje zaś wiadomość, którą ma dostarczyć do pana De La Serre, ale zostawia ją w jego biurze, celem zakradnięcia się na imprezę i spotkania z Elise. Po tym, jak dwójka się spotyka, Arno ucieka, prawie będąc złapanym. W trakcie ucieczki znajduje zamordowanego De La Serre. Wszyscy uważają, że to Arno jest mordercą, pojmują go więc i wtrącają do więzienia Bastille. Tam znajduje złowrogie napisy na ścianie, czym imponuje innemu więźniowi, asasynowi o imieniu Bellec. To właśnie on szkoli nieco Arno, a następnie zaprasza go, by dołączył do bractwa.

Arno powraca do domu, ale zostaje przepędzony przez Elise, która pokazuje mu, iż wiadomość miała za zadanie ostrzec De La Serre przed mordercą. Elise ujawnia też w tym momencie, że jest Templariuszem. Niedługo po tym, Arno dołącza do bractwa, chcąc otrzymać możliwość zemszczenia się na zabójcach. Jego pierwszym celem jest Templariusz La Roi de Thumes (Król Żebraków). Dorian otrzymuje pozwolenie od bractwa, które starało się od dawna wynegocjować pokój pomiędzy obiema organizacjami. Negocjacje zostały jednak brutalnie przerwane przez śmierć De La Serre. Podczas niedługiego śledztwa, Arno dowiaduje się, że niejaki François-Thomas Germain więziony jest przez Mistrza Templariuszy Lafreniere’a. Arno wierzy, że Germain, zajmujący się przetapianiem srebra, będzie posiadał przydatne dla niego informacje. Lafreniere ginie, a protagonista poznaje prawdę. Lafreniere próbował ostrzec De La Serre przed mordercami, a to Germain był osobą odpowiedzialną za morderstwo. To Germain zlecił egzekucję.


Kolejne śledztwo prowadzi do zaskakujących wniosków. Arno dowiaduje się, że Germain chce przyczynić się do wybuchu masowej rewolucji przeciwko Królowi Francji. Likwidujemy więc kolejne dwie, niezwykle istotne osoby. Jedna z nich, kapitan Frederic Rouille, stara się zorganizować wybuch zamieszek w więzieniu. Druga, kupiec Marie Levesque, gromadzi ogromne ilości jedzenia, po to, aby mieszkańcy Paryża myśleli, że oni głodują, podczas gdy szlachta żyje w dostatku. W jednej z misji Arno spotyka Napoleona Bonaparte, oficera artylerii, podczas gdy przeszukuje pałac Tuileries w poszukiwaniu listów od swojego mentora, Mirabeau, do Króla Luisa. Templariusze mogliby owe listy wykorzystać do tego, by wybić wszystkich asasynów, mieszkających na terenie Francji. Bonaparte pomaga później Arno zlikwidować kapitana Rouille, uczestniczącego we wrześniowych masakrach, które miały miejsce w 1792 roku. W tym samym czasie Elise zostaje przyprowadzona do kwatery głównej bractwa i błaga ich o pomoc. Mirabeau zgadza się, licząc na to, że kiedyś w przyszłości Wielki Mistrz Templariuszy będzie mu winny przysługę. Niestety Mirabeau ginie z ręki Belleca, który chce zabić wszystkich przywódców bractwa, za to, że zaczęli prowadzić jakiekolwiek negocjacje z Templariuszami. Arno dopada wreszcie zdrajcę i zabija go. Następnie dopada swój kolejny cel, Levesque i zmuszony jest do ucieczki przed strażnikami. Pomaga mu w tym Elise. Wspólnie uciekają na pokładzie balonu. Podczas podróży Arno przyznaje, że nadal kocha Elise.

Rewolucja we Francji trwa w najlepsze, a po egzekucji Króla Louisa XVI w styczniu 1793 roku, Arno zostaje wygnany z bractwa, ze względu na to, że wiele wcześniejszych decyzji podejmował samodzielnie, bez błogosławieństwa rządzących. Arno popada oczywiście w alkoholizm, bo nie może być inaczej. Na szczęście w pewnym momencie spotyka się ponownie z Elise, która przybywa do niego, aby powiedzieć mu, że Paryż jest w rozpadzie. Arno wraca więc do miasta i postanawia pomóc Elise zdyskredytować reputację człowieka o imieniu Maximilien de Robespierre, którego Germain, obecnie Wielki Mistrz Templariuszy, mianował na człowieka odpowiedzialnego za opanowanie chaosu podczas rewolucji. Po tym jak Arno i Elise znajduje Robespierre’a, który zamknął się w swoim biurze, aby uniknąć aresztowania, Elise strzela Robespierre’owi w szczękę i zmusza go do tego, aby napisał on adres pobytu Germaina.

Arno konfrontuje Germaina na szczycie Świątyni, dowiadując się, że posiada on Miecz Edenu. Walka toczy się przez pewien czas na szczycie, a następnie przenosi się do krypty, w której rozpoczęła się gra. Arno uderza Germaina, ale miecz odrzuca go do tyłu. W ten sposób protagonista zostaje uwięziony pod stertą gruzu. Elise próbuje sama zaatakować Germaina, a w międzyczasie Arno wydostaje się z pułapki i zaczyna biec w ich kierunku. Elise atakuje, ale miecz eksploduje, zabijając młodą kobietę oraz śmiertelnie raniąc Germaina. Arno zabija templariusza, którego wspomnienia zdradzają, że to on jest Mędrcem (Sage) i to on próbował wyczyścić zakon Templariuszy, który zapomniał nauki Jacques’a de Molay.

Gra kończy się gdy Arno wyjaśnia, w jaki sposób zmieniło się jego rozumienia kredo i obiecuje, że będzie opiekował się Paryżem, bezustannie pamiętając o Elise. Dowiadujemy się też, że ciało Germaina zostało złożone w katakumbach Paryża, przez co asasyni (ci w czasach obecnych) są przekonani, iż Abstergo nie będzie go w stanie odnaleźć.