Horizon II: Forbidden West kontynuuje wydarzenia, które miały miejsce w pierwszej części cyklu, czyli w Horizon: Zero Dawn. Główną bohaterką ponownie jest Aloy, przedstawicielka plemienia Nora, będąca jednocześnie klonem naukowca ze starego świata, niejakiej Elizabeth Sobeck.

Sześć miesięcy po pokonaniu Hadesa, Aloyu stara się odnaleźć kopię zabasową Gai. Tylko w dzięki niej możliwe będzie odtworzenie degradującej biosfery Ziemi. W trakcie poszukiwań backupu Aloy dowiaduje się, że jej niegdysiejszy współpracownik, Sylens, nie zniszczył, ale ukradł kod Hadesa. Kontaktuje się on jednak z dziewczyną i sugeruje, by nie przerywała poszukiwań Gai, ale zmieniła miejsce. Celem staje się Zakazany Zachód, czyli tytułowy Forbidden West.

Aloy i jej przyjaciel Varl wkraczają do Zakazanego Zachodu, aby przekonać się, że plemię Tenakth jest w samym środku wojny domowej, w której mierzą się ze sobą Wódz Hekarro oraz przywódczyni rebeliantów, Regalla. Aloy znajduje ślad Sylensa, a dzięki temu namierza uszkodzony kod Hadesa i raz na zawsze go kasuje. Odkrywa wówczas kopię zapasową Gai, ale ta niestety pozbawiona jest wszystkich swoich subsystemów.

Nagle pojawia się grupa ludzi z przyszłości i przerywa dochodzenie Aloy. W skład owej grupy wchodzą Gerard Bieri (przywódca), Tilda van der Meer, Erik Visser oraz jeszcze jeden klon Elizabeth Sobeck, zwany Betą. Ludzie z przyszłości posiadają bardzo zaawansowaną technologię, tworzącą wokół nich tarczę. Sprawia ona, że są praktycznie nietykalni. Biorą oni kopię Gai, a nasza bohaterka ledwie przeżywa konfrontację. Varl na szczęście był w stanie ją odnaleźć.

Kilka dni później Aloy budzi się w osadzie zwanej Pieśnią Ziemi, będącej domem plemienia Utaru. Zo, członkini Utaru, prowadzi Aloy do centrum dowodzenia, w którym Aloy łączy Gaję z pierwszym subsystemem, Minervą. Gaja lokalizuje wówczas kolejne subsystemy, Aether, Demeter oraz Posejdona i chce, aby Aloy je odzyskała zanim spróbuje przejąć bardziej zaawansowanego Hefajstosa. Gaja ujawnia przy okazji, że sygnał, który aktywował Hadesa i zmienił subsystemy został wysłany z układu Syriusza. Aloy zaczyna przypuszczać, że za jego wysłaniem stoją ludzie z przyszłości, na których się natknęła.

Nasza protagonistka znajduje Betę, która informuje Aloy, że ludzie z przyszłości to Odległy Zenit, organizacja miliarderów, którzy opuścili Ziemię, gdy rozpoczęło się masowe wymieranie. Udało im się też znacząco wydłużyć życie. Gdy ich kolonia na Syriuszu uległa zniszczeniu, przedstawiciele Odległego Zenitu powrócili na Ziemię z nadzieję wykorzystania Gai do tego, by ponownie skolonizować planetę. W tym momencie mieli oni już kilka podsystemów, ale Beta ukradła ich kopię zapasową Gai.

Aloy pomaga Hekarro w wojnie domowej i odzyskuje Aether. Następnie znajduje Posejdona, skrywającego się w ruinach Las Vegas, a na koniec zdobywa z pomocą niejakiej Alvy, członkini plemienia Quen, kod źródłowy Demeter. Bohaterka z pomocą towarzyszów wymyśla plan odzyskania Hefajstosa. Wszyscy ruszają do nieaktywnego Kotła, w którym rozpoczynają realizację misji. Członkowie Odległego Zenitu przystępują do obrony. Jeden z nich zabija Varla, inny pojmuje betę, a jeszcze inny kradnie kopię zapasową Gai. Co ciekawe, członkini Zenitów, Tilda, zdradza swoich współpracowników i pomaga Aloy uciec. Tilda wyjaśnia następnie, że miała romans z Sobeck i zawsze żałowała tego, że ją zostawiła. Postanawia on pomóc bohaterce w pokonaniu Zenitów, zdradzając też, że Sylens pomagał rebeliantom Tenakth. Aloy postanawia przerwać wojnę i rzuca wyzwanie Regalli, samodzielnie ją pokonując. Następnie przekonuje Tildę i Sylensa do spotkania w bazie, gdzie tworzą ostateczny plan.

Celem jest atak na bazę Odległego Zenitu, gdy Beta jednocześnie będzie wpuszczać kod Hefajstosa do sieci Zenitów. Efektem ma być w zasadzie niekończąca się produkcja maszyn, które będą w stanie przeciwstawić się armii Zenitów. Aloy i jej towarzysze pokonują Odległy Zenit, ale przy okazji dowiadują się, że ich kolonia została zniszczona przez Nemezis, nieudany eksperyment. Nemezis chce ich ścigać, a Zenici uciekli na Ziemię, by ukraść Gaję i skolonizować nową planetę, nieznaną Nemezis. Wysyła on na Ziemię sygnał wymarcia, aby nie pozwolić Zenitom na przetrwanie, a następnie rusza za nimi, by zniszczyć planetę. Tilda próbuje przekonać Aloy, by opuściła z nią Ziemię, ale Aloy rezygnuje, czego efektem jest walka z Tildą. Kończy się ona śmiercią Zenitki. Towarzysze Aloy wyruszają w świat, by ostrzec wszystkich przez Nemezis, podczas gdy Aloy i Beta reaktywują wspólnie Gaję.