Akcja Resident Evil 4 przenosi nas do roku 2004, kiedy agent rządu USA, Leon S. Kennedy, wyrusza na misję, której celem jest odzyskanie córki amerykańskiego prezydenta, Ashley Graham. Dziewczyna porwana została przez tajemniczych kultystów, a wszystkie tropy wskazują na to, że przetrzymywana jest w Hiszpani.

Leon wyrusza w związku z tym do Hiszpani, a tam szybko trafia do wioski, w której natrafia na przedstawicieli kultu Los Iluminados. Przedstawicieli, którzy nie są pokojowo nastawieni. Kiedyś byli to głównie prości farmerzy, a obecnie kontroluje ich pasożyt zwany Las Plagas. Przez niego wieśniacy zamieniają się w żadnych krwi szaleńców, skłonnych do morderstw.

Pierwszą lokacją, do której trafia Leon jest wioska, a tam zostaje pojmany przez jej wójta, tudzież szefa, zwanego Bitores Mendez. Gdy jest w niewoli protagoniście wstrzyknięty zostaje pasożyt, czyli Las Plagas, a niedługo potem poznajemy byłego policjanta z Madrytu, Luisa Serę. Bohaterowie współpracują, by uciec, ale następnie ich drogi się rozchodzą.

Leon znajduje wreszcie Ashley - dziewczyna więziona jest w kościele. Obaj uciekają, a niedługo po tym poznajemy dokładne plany tego, co zamierza zrobić szef Los Iluminados... Są one oczywiście związane z pasożytem oraz jego możliwością kontrolowania umysłów. Jakież to plany? Najlepiej przekonać się na własną rękę...