Fabuła Resident Evil: Village rozpoczyna się 3 lata i 8 miesięcy po zakończeniu Resivent Evil VII. Głównym bohaterem ponownie jest Ethan Winters, którego w pierwszych scenach widzimy w domu. Spaceruje on po nim, aby zanieść swoją córkę, Rose, do łóżeczka. Gdy wraca do kuchni i próbuje zasiąść do kolacji z żoną Mią, nagle padają strzały i Mia ginie. Po chwili pojawia się Chris Redfield, a Ethan traci przytomność. Cała rodzina zostaje niejako porwana przez oddział Chrisa.

Po jakimś czasie Ethan odzyskuje przytomność. Ma to miejsce podczas transportu, który niestety kończy się wypadkiem. Zdezorientowany bohater idzie przez mroczny las, aż wreszcie natrafia na z pozoru pustą wioskę. Ponad nią góruje potężne zamczysko, a wioska zdaje się być całkiem niedawno wyludniona. Dość szybko okazuje się, że odpowiadają za to panoszące się po okolicy wilkołaki. To one atakują tutejszych mieszkańców, mimo że mają oni umowę z jakąś Matką Mirandą.

Dalsze etapy fabuły związane są z czterema potworami, które okazują się być swoistymi sługusami Matki Mirandy. Najpierw zajmujemy się Panią Alciną Dimitrescu, zabijając jej córki, a potem ją samą. Następnie wyruszamy do domu niejakiego Beneviento. Potem pozbywamy się Moraeu i Soldata ze śmigłem. Każdy zabity potwór to oczywiście strzępki nowych informacji, a wśród nich jedna dość istotna. Matka Miranda postanowiła bowiem "rozłożyć" Rose na czynniki pierwsze i umieścić jej esencję w czterech słojach. Ethan musi owe pojemniki pozyskać i umieścić je na specjalnym ołtarzu. Tylko w ten sposób będzie w stanie odzyskać córkę.

Przełomem w fabule Resident Evil: Village są scenki przerywnikowe, które oglądamy po zabiciu podopiecznego Heisenberga, czyli Soldata ze śmigłem. Ethan ponownie natrafia wówczas na Chrisa Redfielda, a ten zaczyna mu wyjaśniać, że zaraz na początku gry nie zabił Mii, ale Matkę Mirandę, która, dzięki swoim niesamowitym umiejętnościom, potrafi się zmienić w kogo chce. W tym konkretnym przypadku wcieliła się w Mię, aby skraść Rose. Miranda, jako Mia, udawała, że nie żyje, a potem, podczas transportu, uciekła, porywając dziecko.

Chris mówi następnie, że Miranda dawno temu oszalał, wioska pełna potworów to kreacja jej życia. Wszystkie znajdujące się w niej potwory są eksperymentami powstałymi za sprawą tzw. pleśni - dziwnego grzyba, mogącego przemieniać ludzi, z którymi wchodzi w interakcję. Po konwersacji Ethan wsiada do czołgu i za pomocą windy dostaje się na arenę, na której musi się zmierzyć z Heisenbergiem. Pojedynek kończy się oczywiście zwycięstwem protagonisty, a wówczas na arenie pojawia się Miranda.

Kobieta wyjaśnia Ethanowi, że Rose jest bardzo ważna. Przypomina mu o Eveline - czyli dziewczynie, z którą mierzyliśmy się w Resident Evil VII. Jak dobrze pamiętacie (a jeśli nie, możecie sobie przypomnieć w tym miejscu), Eveline miała wyjątkowe umiejętności, które także były efektem działania pleśni. Rose ma być rzekomo finalną postacią Eveline - a jednocześnie "naczyniem" dla nieżyjącej od dekad córki Mirandy, Eve. Po przemowie Miranda przemienia się w kilka różnych postaci, w tym w wiedźmę, z którą kilkakrotnie mieliśmy okazję się spotkać we wiosce. Finalnie zabija ona Ethana Wintersa, wyrywając mu serce. Pocieszeniem ma być fakt, że jego byt i świadomość nie przepadną, a połączą się z Pleśnią. W ten sposób mężczyzna ma żyć wiecznie. Miranda rusza, by dokończyć ceremonię odrodzenia.

W tym momencie przejmujemy kontrolę nad Chrisem Redfieldem. Rusza on w kierunku Mirandy, aby się jej pozbyć. Co ciekawe, na polu bitwy pojawiają się też oddziały BSAA. Redfield brnie przez wioskę, a za pomocą artylerii ostrzeliwuje pleśń oraz wybija wielką dziurę w ziemi. W kraterze Chris mierzy się z potężnym Uriasem Strajerem, po czym rusza dalej. Dociera w ten sposób do korzenia pleśni, na którym montuje bombę neutronową N2. Nie detonuje jej jednak, albowiem najpierw musi pozbyć się Mirandy. Rusza do przodu po schodach, a po chwili dociera do laboratorium kobiety. Wewnątrz pozyskuje kolejne kluczowe informacje dotyczące fabuły.

Okazuje się, że Miranda była biolożką, której córka zmarła podczas pandemii Hiszpanki. Chcąc zginąć kobieta wkroczyła do pobliskich jaskiń, a w jednej z nich przez przypadek natrafiła na Korzeń Pleśni. Dowiedziała się w tym momencie, że Korzeń Pleśni potrafi absorbować świadomość ludzi, którzy umierają. Postanowiła to oczywiście wykorzystać. Za sprawą eksperymentów Miranda opracowała pasożyta zwanego Cadou. Jego implantacja dała jej nieśmiertelność, a u innych ludzi wywołała różne dziwne mutacje. Eksperymenty na ludziach w wiosce doprowadziły do powstania czterech potworów, z którymi musi się zmierzyć Ethan. Żadna z kreacji nie była jednak odpowiednim kandydatem na świadomość Eve. Nie nadała się nawet Eveline, którą, we współpracy z Mirandą, stworzyła firma Connections z Resident Evil VII.

Co ciekawe, jednym z uczniów Mirandy okazuje się tu Oswell E. Spencer, który uznał, że eksperymenty z pleśnią nie są dla niego. W jego opinii cel Mirandy nie pokrywał się z jego własnym Miranda eksperymentowała, aby przywrócić do życia jedną osobę, podczas gdy Oswell E. Spencer chciał dobra całej ludzkości. Rozstał się on więc z kobietą, by następnie założyć Korporację Umbrella, którą znamy z wcześniejszych odsłon serii. Umbrella nie była zainteresowana pleśnią. Zamiast tego stawiała na wirusy.

Po zbadaniu wszystkich wskazówek w laboratorium, Chris dociera do celi, w której znajduje prawdziwą Mię. Kobieta jest oczywiście wściekła na Chrisa, bo mimo obietnic, nie był w stanie ochronić jej rodziny. Obiecuje jednak, że ocali Rose. Mia i Chris uciekają z laboratorium, a w trakcie rozmowy okazuje się, że Ethan nie jest tym, za kogo go mamy. Mia a starała się to utrzymać w tajemnicy, ale wreszcie wychodzi na jaw, że nie jest go łatwo zabić. Akcja w tym momencie powraca do Ethana.

Jako Ethan musimy pozbyć się Mirandy. Najpierw jednak mamy wizję, w trakcie której Eveline mówi bohaterowi, że od dawna nie żyje. Zginął nieco ponad trzy lata temu z rąk Jacka Bakera. Najpierw jednak Ethan walczył z zainfekowaną pleśnią Mią. Sam został zainfekowany, przez co był w stanie przetrwać wydarzenia, które poznajemy podczas wątku fabularnego Resident Evil VII, a także opowieści przygotowanej na potrzeby Resident Evil: Village. Żaden normalny człowiek nie byłby w stanie tego zrobić.

Ethan wreszcie odzyskuje kontrolę nad swoim ciałem, a wtedy okazuje się, że Duke - sprzedawca - przywiózł go do miejsca ceremonii. Mimo że ciało Ethana ledwie funkcjonuje, musi się on zmierzyć z Mirandą, co oczywiście robi. Po wygranej, Ethan traci świadomość, a gdy się budzi, jego ciało faktycznie niszczeje, co jest wynikiem śmierci Mirandy. Nagle pojawia się Chris. Cała trójka: Chris, Ethan i Rose zaczynają ucieczkę przed Pleśnią, która zaczyna przyjmować postać ogromnego potwora. Chris próbuje namówić Ethana, by się nie poddawał, mężczyzna jednak bierze detonator do N2 i nakazuje Chrisowi dbanie o Rose.

Chris i Rose docierają do miejsca ewakuacji, a gdy wchodząc na pokład samolotu, Mia zauważa, że Ethana nie ma. Po chwili następuje potężna eksplozja. Chris wyjaśnia wówczas kobiecie, że Ethan postanowił zostać, aby oni mogli uciec. Na pokładzie samolotu dowiadujemy się, że żołnierze BSAA wysłani do wioski to nie ludzie, ale broń biologiczna. Chris nakazuje wówczas pilotowi lot do europejskiej kwatery głównej BSAA. Ktoś musi bowiem zapłacić za to, co się tu wydarzyło.

W trakcie napisów końcowych widzimy konkluzję opowieści. Najpierw obserwujemy historię stanowiącą skrót wydarzeń. Jest więc dziewczynka, którą pojmuje wiedźma, a następnie ratuje ojciec, który sam ginie w trakcie walki. Następnie widzimy opowieść o parze, która przeprowadza się do wioski. Mają w niej córkę, ale sielankę przerywa choroba Matki. Dotknięta hiszpanką kobieta umiera, a niedługo po niej choruje też córka. Miranda otwiera lecznicę, w której podaje ludziom Cadou (pasożyta), jako lekarstwo. Zastrzyk podany córce cudownie ją leczy. Jej ojciec również dostaje zastrzyk, ale w jego przypadku nie działa on tak dobrze. Zamienia się on bowiem w wilkołaka.

Gra przeskakuje następnie kilka lat do przodu - już po napisach - a w trakcie kolejnego przerywnika widzimy dorosłą Rose, jadącą autobusem. Dziewczyna dociera na cmentarz, aby odwiedzić swojego ojca, Ethana Wintersa. Składa mu życzenia urodzinowe, a wówczas pojawia się pojazd nieokreślonej organizacji. Wychodzi z niego mężczyzna i mówi, że Rose jest potrzebna. Gdy ochroniarz żartobliwie nazywa dziewczynę Eveline, ta straszy go umiejętnościami, o których nawet Chris nie wie.  Rose wsiada do pojazdu i razem odjeżdżają. W oddali widzimy, jak do pojazdu podchodzi jakaś nieznana postać...