Akcja Assassin's Creed: Valhalla rozpoczyna się w momencie, gdy jej główny bohater/główna bohaterka o imieniu Eivor bierze udział w biesiadzie. W jej trakcie jego/jej rodzinny klan zostaje zaatakowany przez okrutnego wikińskiego watażkę, Kjotve. W wyniku ataku ginie cała rodzina Eivor. Protagonista/protagonistka ucieka przed śmiercią z pomocą Sigurda, syna lokalnego króla.

Kilkanaście lat później Eivor mści się na oprawcy rodziny, a potem postanawia, że w Skandynawii nie znajdzie nic dla siebie. Że jego/jej ambicje są znacznie bardziej dalekosiężne. W efekcie wyrusza do Anglii, uczestnicząc w słynnych atakach wikińskich, do jakich dochodziło w dziewiątym wieku naszej ery. Właśnie wtedy rozgrywa się główny wątek fabularny Assassin's Creed: Valhalla.

Po dotarciu do brzegów Anglii, Eivor musi zmierzyć się z królestwami Wessex, Nortumbrii, Wschodniej Anglii oraz Mercji. W każdym protagonista/protagonistka szuka sojuszników, spotykając m.in. synów słynnego Ragnara Lothbroka, który stworzył, a potem prowadził do boju Wielką Armię Pogan.

Eivor, na swojej drodze do celu, walczy m.in. ze słynnym królem Wessex, Alfredem Wielkim - jednym z najwybitniejszych królów w historii Anglii. Po swojej stronie bohater/bohaterka ma jednak bardzo ważnego sojusznika - Ukrytych, czyli starożytne bractwo asasynów, które poznaliśmy w wielu innych odsłonach cyklu Assassin's Creed. Bractwo mierzy się tu z Zakonem Starożytnych, czyli późniejszymi Templariuszami.

W Assassin's Creed: Valhalla istotną rolę odgrywa też wątek toczący się w czasach nowożytnych. W tej opowieści obserwujemy losy Layli, czyli kobiety, z którą mieliśmy też do czynienia w Assassin's Creed: Origins oraz Assassin's Creed: Odyssey. Valhalla stanowi w tym przypadku swoistą kontynuację.