W grze Elex występują cztery główne frakcje: Klerycy, Banici, Berserkowie oraz Albowie. Do trzech pierwszych można dołączyć, czwarta to natomiast antagoniści i fanatycy odpowiedzialni za dużo zła, jakie ma miejsce na Magalanie. Poniżej przedstawiamy krótką charakterystykę każdej grupy.

Albowie

Albowie są najpotężniejszą z czterech frakcji zamieszkujących planetę Magalan. Przebywają oni w północnej części mapy, na obszarze tzw. Xakoru, a ich przywódcą jest Hybryda - tajemnicza postać, która nakazała Albom zbieranie elexu. Hybryda chce, aby cały elex z Magalana należał do niej.

Cechą charakterystyczną Albów jest to, że nałogowo korzystają oni z elexu, co doprowadziło do tego, że utracili oni swoje człowieczeństwo. W rezultacie wyzuci są z uczuć, a ich nadrzędnym celem jest przestrzeganie czegoś, co nazwano Dyrektywą.

Do Albów nie da się dołączyć, a ich największym przeciwnikiem są Berserkowie, zamieniający elex w manę; oraz Separatyści, którzy uciekli z Xakoru i wypowiedzieli Lodowemu Pałacowi wojnę.

Albscy Separatyści

To odłam Albów. Postanowili oni ograniczyć elex, nie rezygnując z niego całkowicie. Spożywają go w niewielkich ilościach, dzięki czemu chcą pozbyć się uzależnienia oraz skupić na tym, co najważniejsze - rozwijaniu swojej rasy i ewoluowaniu na kolejne poziomy.

Separatyści nie uznają autorytetu Xakoru, chcą obalić Hybrydę oraz zabić wszystkich elexetorów. Nie da się do nich dołączyć, ale można zdobyć ich wsparcie, co sprawia, że podczas ostatecznej walki mamy kilku dodatkowych wojowników po swoje stronie.

Najeźdźcy

Najeźdźców ciężko nazwać frakcją. Dowiadujemy się od nich od Hybrydy, a jedyne co wiemy na ich temat, to że są ogromnym zagrożeniem dla wszelkiego życia planety Magalan.

Jeśli to, co mówi Hybryda jest prawdą, trzeba nastawić się na kontynuację gry Elex, w której najeźdźcy odegrają znacznie większą rolę? Jaką, tego dowiemy się najprawdopodobniej dopiero podczas przechodzenia Elex 2.

Banici

Banici to druga z czterech głównych nacji gry Elex. Zamieszkują oni południowo-wschodnią część mapy, czyli obszar nazwany Tavarem. To bardzo nieprzyjazny, prawie w pełni pustynny teren pokryty promieniotwórczymi substancjami. Stolicą banitów jest Fort, a ich władcą książę Logan.

Banici wykorzystują elex do tego, by tworzyć tzw. dopalacze. Dzięki nim otrzymują różne umiejętności specjalne, podnoszące ich zręczność, siłę, percepcję itd. Banici nie wierzą w żadnego boga. Uważają, że wolność jest najistotniejsza, dlatego wolą żyć z dala od cywilizacji.

Do frakcji Banitów da się dołączyć w miarę postępów. Trzeba w tym celu wykonać kilka zadań dla księcia Logana, a następnie awansować w szeregach grupy realizując kolejne misje. Banici cenią sobie przede wszystkim broń palną, choć potrafią też spożytkować np. miecze wyposażone w łańcuch na wzór pił łańcuchowych.

Klerycy

Klerycy to frakcja, która wybrała sobie za swoją stolicę miasto Hort, znajdujące się w północno-wschodniej cześci mapy Magalanu, na obszarze tzw. Ignadonu. Są oni przeciwnikami elexu, przynajmniej jeśli chodzi o jego spożycie, dlatego wykorzystują go wyłącznie do napędzania swoich maszyn.

To właśnie Klerycy odpowiedzialni są za broń energetyczną występującą w grze, a jeśli zdecydujemy się do nich dołączyć, musimy stać się wyznawcami boga Calaana. Klerycy chcą aby wszyscy do nich dołączyli, dzięki czemu wszyscy będą też wierzyć w Calaana - według nich jedyną szansę na ratunek planety.

Klerykom przewodzą tzw. Sędziowie. Aby do nich dołączyć, trzeba im zaimponować, realizując rozliczne zlecenia. Po wstąpieniu w szeregi frakcji trzeba się oczywiście wykazać, aby zdobywać coraz wyższe rangi.

Berserkowie

Berserkowie to trzecia frakcja, do której da się dołączyć podczas przechodzenia wątku fabularnego gry Elex. Charakteryzuje ich ogromne przywiązanie do natury, a jednocześnie wstręt do elexu oraz technologii. Uważają oni, że ludzie poradzą sobie bez zaawansowanych rozwiązań, jeśli tylko polegać będą na naturze oraz manie - specjalnej substancji, dającej im wyjątkowe umiejętności na wzór magii.

Najważniejsze w życiu Berserków są prawa oraz tzw. Wszechserca - specjalne rośliny, które potrafią transmutować Elex w manę. To Wszechserca sprawiły też, że Edan - kraina Berserków - zmieniła się z pustyni w gęsty las. Stolicą Edanu jest miasto Goliet, a ich przywódcą niejaki Ragnar. Pełni on tę rolę ze względu na to, że mistrz magii, Thorald, wyruszył w pielgrzymkę i nikt nie wie gdzie jest.

Aby dołączyć do Berserków, trzeba zaimponować trzem naczelnikom. To oni decydują o tym, kto jest w stanie wstąpić w szeregi frakcji. Później można oczywiście awansować, zdobywając coraz lepsze wyposażenie. Zaczynamy jako ogrodnik, a niedługo potem jesteśmy wojownikiem oraz paladynem. Walczymy mieczami, toporami, łukami oraz kuszami, choć nic nie stoi na przeszkodzie, by chwycić w rękę jakąś broń energetyczną. Tyle tylko, że inni Berserkowie będą marudzić na nasz widok.