Misja The Academy stanowi kontynuację zadania The Nameless Isle. Rozpoczyna się ona po tym, jak wejdziesz do tytułowej Akademii. W środku zmierzaj oczywiście przed siebie.

Przed kolejnymi wrotami natrafisz na dziwną istotę zwaną Voidwoken Delegate – porozmawiaj z nią. Jeśli jest z Tobą Fane, będzie chciał porozmawiać z pokraką. Jeśli mu na to pozwolisz, czeka Cię próba perswazji. Będziesz musiał przekonać kompana, aby został z Tobą. Następnie sam porozmawiasz z delegatem, dowiadując się bardzo istotnych dla fabuły rzeczy. Po konwersacji porozmawiaj z członkami drużyny, po czym rusz dalej.

Za wrotami znajdziesz komnatę z dwoma drzwiami. Na wprost będzie też punkt nawigacyjny oraz The Seneschal – jeśli chcesz, możesz naprawić go przy pomocy Phase Capacitora, przy czym uzyskasz od niego tylko szczątkowe informacje na temat The Academy – ogólnie nie warto.

Za drzwiami po lewej jest coś w rodzaju magazynu. Jest on niestety zamknięty, ale klucz znajdziesz w bibliotece, w biurku, przy którym przeważnie siedzi Taryan Graye (dotrzesz do niego za moment). Możesz też oczywiście włamać się do drzwi, jeśli posiadasz odpowiednio wysoką umiejętność złodziejstwa. Po wejściu do magazynu natychmiast dostaniesz nieco punktów doświadczenia, a przeszukanie wnętrza zapewni Ci sporo przydatnych gratów.

Za drzwiami po prawej stronie jest sala nauczycieli (Teacher's Hall), w której znajdziesz szkielety dookoła długiego stołu. Skorzystaj z zaklęcia Spirit Vision, aby przywołać duchy nauczycieli. Każdy będzie w stanie zmodyfikować Twoje umiejętności, przy czym zyskasz na jednym atrybucie, tyle samo tracąc na innym. Więc decyduj się na to tylko wtedy, gdy faktycznie chcesz coś zmienić.

Poniżej lista nauczycieli oraz tego, co modyfikują:

• Duch Authority Master: +5 Memory, -5 Strength;
• Duch Intelligence Master: +5 Intelligence, -5 Finesse;
• Duch Wits Master: +5 Wits, -5 Constitution;
• Duch Finesse Master: +5 Finesse, -5 Memory;
• Duch Constitution Master: +5 Constitution, -5 Intelligence;
• Duch Strength Master: +5 Strength, -5 Wits.

Cokolwiek zdecydujesz się zrobić w sali nauczycieli, zauważ, że jest tu dziwne urządzenie oraz jeszcze jedno przejście, na północ. Urządzenie uruchom przy pomocy Phase Capacitora - ustaw go we wskazanym miejscu i poraź. Potem przekrocz drzwi, a trafisz do biblioteki. Skorzystaj w niej z zaklęcia Spirit Vision, po czym porozmawiaj z duchami – jest ich tu sporo.

Porozmawiaj ze wszystkimi, aby zdobyć zadanie Unscholarly Pursuits, a przy okazji dowiedzieć się co nieco ciekawych informacji. Następnie podejdź do tutejszego lustra, tego po lewej. Przekręć je tak, aby promień światła trafił do korytarza obok. Wyjdź na korytarz i tam także skieruj promień w odpowiednim kierunku – w stronę wielkiej bariery na końcu.

Po wycelowaniu promienia, wróć się do biblioteki. Jest tam zagadka. Rozwiąż ją w ramach misji Unscholarly Pursuits. Następnie idź wreszcie do potężnej bariery energetycznej, a tam ustaw na specjalnych znacznikach dwa kondensatory fazowe (Phase Capacitor). Gdy to zrobisz pociąg za dźwignię, a będziesz mógł iść dalej.

Po przejściu przez barierę spotkasz swoich dawnych znajomych oraz Alexandara (jeśli przeżył). Porozmawiaj z nimi. Okaże się, że wszyscy zostali przemienieni. Na koniec wejdź do basenu z Source, aby uzupełnić jego zasoby, po czym porozmawiaj z arbitrem.

Zapyta Cię on o to, czy skończyłeś nauki (jeśli nie, wróć do biblioteki i przestudiuj dwie tabliczki kamienne obok jednego z wejść, a pozyskasz umiejętności Spirit Vision oraz Spirit Vampirism). Jeżeli odpowiesz, że tak wyruszysz dalej, na Arenę Wybrańca (The Arena of the One). Misja The Academy dobiegnie końca. Rozpocznie się misja The Arena of the One.