Misje poboczne to nowość w Batman: Arkham City. Wynikają głównie z dużo bardziej otwartej struktury świata w tej części serii – mimo iż głównego wątku nie możemy przerwać jak w typowym sandboksie, to możemy nie podchodzić do kolejnego celu, a wybrać np. zadanie opcjonalne i żadna krzywda ludziom, których mieliśmy uratować, się nie stanie.

Ogółem mamy 12 side-questów. Większość z nich aktywowana jest dla nas na przestrzeni kampanii fabularnej, lecz kilka wymagają naszej inwencji (jak np. Obserwator na skrzydłach). Naturalnie nie musimy spieszyć się z ich wykonaniem, wszak zakończenie historii Batmana w tej części (podobnie zresztą jak w poprzedniej) nie zamyka nam drogi do swobodnej eksploracji Arkham City ani wypełniania aktywności dodatkowych.

Spis treści:

• Kruchy sojusz;
• Strzał w ciemnościach;
• Telefoniczny morderca;
• Trening rzeczywistości rozszerzonej;
• Szarada Enigmy;
• Kradzież tożsamości;
• Szalony kapelusznik;
• Odległa kryjówka;
• Serce z lodu;
• Gorący i zimny;
• Brutalne działania;
• Obserwator w skrzydłach.