Po zabraniu mu statusu Widmo przez Radę, Saren zapadł się pod ziemię i nie sposób go teraz wytropić. Głównym celem jest odnalezienie Liary T’Soni, córko Matki Benezji, która razem z Sarenem zamieszana jest w poszukiwanie Kanału i sprowadzenie Żniwiarzy. Jej rozległa wiedza na temat Protean sprowadziła na siebie uwagę Sarena, który również jej poszukuje.

Podczas podróży czeka nas drobna potyczka ze szturmowcami gethów. Kiedy dotrzemy pod bramy rafinerii, nie uda nam się przedrzeć frontem z uwagi na trzy potężne wieżyczki. Jednak tuż przed wyjazdem z wąskiego korytarza wprost na pewną śmierć znajduje się rozwidlenie i możliwość ucieczki w prawo! Tam czeka na nas już tylko jedna wieżyczka i parę gethów w środku.

Wyjazd poza rafinerię jest zamknięty. Aby otworzyć bramę, wchodzimy do pomieszczenia po lewej stronie i aktywujemy odpowiedni przycisk.

Prowadzimy dalszą eksplorację kompleksu, okazyjnie eliminując kolejne oddziały przeciwników. W pewnym momencie na naszej drodze pojawi się naturalna przeszkoda, która uniemożliwi dalsze poruszanie się Maco. Kiedy dotrzemy pod wejście do proteańskich ruin, nadciągnie solidna porcja gethów łącznie z potężnie uzbrojonym pancernikiem.

Po wejściu do środka uważamy na czających się na każdym rogu gethów. Labiryntem korytarzy (prostolinijnych) dotrzemy w  końcu do uwięzionej Liary. Kierujemy się teraz w głąb groty (tej, w której znajduje się cela T’Soni) i na panelu lasera górniczego wklepujemy następującą kombinację:

W ten sposób zrobimy ogromną dziurę w ziemi – ruszamy zatem w głąb proteańskich ruin. Naprzeciwko znajdziemy panel kontrolny odpowiedzialny za windę, która zaprowadzi nas do celi Liary. Kiedy już ją uwolnimy, ruszamy z walącego się podziemia. Będąc już na ostatnim „piętrze” dopadnie nas oddział Sarena wraz z dość wytrzymałym kroganinem.

Walkę z nimi najłatwiej jest prowadzić zza osłon zgromadzonych nad nami – wbiegamy pod ścianę i po prostu dynamicznie przemieszczamy się pomiędzy osłonami. Po wszystkim trafiamy na Normandię i obieramy kolejny cel podróży.